<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Thanks Mark and Omer for your comments &#8211; I have really
learning a lot on RDF today based on your input! <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> gmx-users-bounces@gromacs.org
[mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On Behalf Of </b>Omer Markovitch<br>
<b>Sent:</b> Thursday, October 22, 2009 3:49 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] g_rdf and number of atoms to include<o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>On Thu, Oct 22, 2009 at 05:17, Enemark Soeren &lt;<a
href="mailto:chees@nus.edu.sg">chees@nus.edu.sg</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Ahh, now I understand - sorry, Omer!</span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>No problem, glad to help.<br>
&nbsp;<o:p></o:p></p>

</div>

<blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;
margin-left:4.8pt;margin-right:0in'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>In fact, I have compared all three
single hydrogen RDFs and they are identical and also relatively smooth. Since,
however, with 3 times more data points (all three hydrogen atoms taken
together) I get a different RDF, would that indicate that I do not have enough
data after all? </span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</blockquote>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>See my previous answers for
some checks you can do on the convergence.<br>
You have to look at your data and decide if the differences are acceptable by
you. I could suggest, for example, RMSD between curves, focusing just on the
first peak.<o:p></o:p></p>

</div>

<blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;
margin-left:4.8pt;margin-right:0in'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Are RDFs known to be slow to converge?</span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</blockquote>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>A wild answer would be no, but
thats basically depends on the size of your bin. A bin of 0.5 Angstroms would
mean in each bin you'll probably have &quot;enough&quot; molecules for the data
of this bin to converge, but than the curve itself wouldn't look smooth (even
if it is converged). A bin size of 0.1 is often used.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><span style='font-size:11.0pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Without considering bin width
before you mention it, I can see that I have been using a bin width of 0.02
Angstrom which is the default in Gromacs. Judging by your comment, this is
quite a small bin width. However, I guess it explains why my curve looks smooth.
This despite the RDFs not being converged. Thanks to Mark, I realized that my
RDF for the 3 hydrogen atoms taken over only half the time does not reproduce neither
my single hydrogen RDFs and even less my full production RDF with 3
hydrogens..&nbsp; I am still a bit puzzled as to why this can happen, but I
guess it clearly indicates that I do not have enough data for my bin width. I am
trying to play around with this.. &nbsp;<o:p></o:p></span></p>

</div>

<blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;
margin-left:4.8pt;margin-right:0in'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>I have about 1000 water molecules and
about 50+ glycine molecules, simulated for 10ns with 1ps sampling intervals.
That should give me 500,000,000 data points for the distribution, right? Can I
compare this number with the literature in which RDFs for, say, water-water
interactions are reported?</span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</blockquote>

<div>

<p class=MsoNormal>With 50 glycines you basically average 50 curves together,
but the number of water molecules does not effect the statistics of the glycine
RDF. The number of waters does mean that you most likely have a large enough
system.<br>
As for water-water RDF, I think you should have more then enough data here.
Just make sure when comparing to similar variables with the literature
(potential, temperature, binning...). I would also worry about calculating my
water-water RDF for a water which is close to glycine if I wanted to compare
bulk water.<br>
&nbsp;<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

</div>

<blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;
margin-left:4.8pt;margin-right:0in'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>One important point, which was not
really clear to me before was if, provided that I have enough data, the RDFs
should be identical no matter whether I use 1, 2, or 3 hydrogen atoms for
generating the RDF. As far as I understood, both yours and Omer&#8217;s
responses indicate that the RDFs should be identical. Did I get that correctly?</span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</blockquote>

<div>

<p class=MsoNormal>From the top of my head I would say yes, you are correct. I
recommend you look at some trajectory snapshots to make sure that indeed all 3
hydrogens have similar neighboring.<span style='color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Thanks for confirming that, Omer.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<span style='color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><br>
Cheers, Omer. <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>