<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 23, 2009 at 12:33 AM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word"><br><div><div class="im"><div>On Oct 22, 2009, at 11:28 PM, Amit Choubey wrote:</div><br><blockquote type="cite"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 22, 2009 at 9:53 AM, S hv <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:solar30@hotmail.com" target="_blank">solar30@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <div> Hi,<br><br>I am currently working with peptide/lipids interactions using the martini force field. I want to built a bacterial membrane, so I trying to find the <br>
topology of the POPG lipid but until now without success.  <br> </div></blockquote><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><br>In the martini_v2.0_lipids.itp file, the PG lipids are no included. I have seen some works using the martini force field and POPG lipids, e.g., &quot; The molecular mechanism monolayer PNAS 105, 10803-10808&quot;, but they don&#39;t specify the topology of POPG lipids.<br>
 </div></blockquote><div><br></div><div>You can do this on your own just pull out the atomic structure of DPPC and POPG from any website. Compare atomistic DPPC with the Coarse Grained DPPC and it wont be hard to figure out the POPG CG topology. </div>
</div></blockquote></div>That is certainly not that easy. A lot of parameterizations efforts have to be</div><div>involved. </div></div></blockquote><div><br></div><div>No, thats easy because you are working with a coarse grained model. There are are only few types of particles possible. The only tricky ones are the head groups which the paper does mention. </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div style="word-wrap:break-word"><div><div class="im"><br><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"> <div><br>
</div><div>BTW, the paper does give a short description about the topology of POPG</div></div></blockquote></div>The best is probably to ask the authors of that paper to share their topology,</div><div>which they should.</div>
<div class="im"><div><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"><div><font face="Times"><span style="border-collapse:collapse;font-size:medium"><br> </span></font></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><br>I also tried in the martini web page, but I just found the martini_v2.0_lipids.itp file.  <br> <br>Could anyone help me to find such topology? <br><br>Thanks a lot for your time,<br><br>Salvador<br>                                               <br>
<hr>Windows Live: Make it easier for your friends to see  <a href="http://www.microsoft.com/middleeast/windows/windowslive/see-it-in-action/social-network-basics.aspx?ocid=PID23461::T:WLMTAGL:ON:WL:en-xm:SI_SB_2:092009" target="_blank">what you’re up to on Facebook.</a></div>
 <br>_______________________________________________<br> gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
 Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br> _______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></blockquote></div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>

gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>