<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I have obtained distributions with in infinite wall by simulating with an softer wall<br>and unbiasing with configurations with the wall potential.<br>But if you need the dynamics, or you want less hassle during the simulation,<br>you will have to do a bit more effort in coding an infinitely hard wall.<br><br>You will not only have to inverse the velocity, but also mirror the position<br>of the particle in the wall. This should on require a few lines of code in do_update_md<br>in src/mdlib/update.c.<br><br>Note that this will only work easily when you do not have constraints present.<br>With constraints things get much more complicated.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 22 Oct 2009 14:34:06 -0700<br>From: kgp.amit@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Setting up an infinitely hard wall<br><br><div class="ecxgmail_quote">Hi everyone,</div><div class="ecxgmail_quote"><br></div><div class="ecxgmail_quote">I am sending this email again hoping for any quick input for my question.</div><div class="ecxgmail_quote"><br></div><div class="ecxgmail_quote">
<br></div><div class="ecxgmail_quote"><div><br></div><div>I have been trying to set up an "infinitely" hard potential wall.&nbsp;</div><div><br></div><div>I tried to use the available wall options and could not really get it to do what i needed. I wanted a steep repulsive potential but when i created that, the system was blowing up, reason being that it requires smaller time step and i cant afford to have smaller time step.&nbsp;</div>

<div><br></div><div>My idea to overcome this issue is to just reverse the velocity of the particle whenever it hits the wall. I am not sure if there is any thing in GROMACS which does this but any suggestions will be very helpful.</div>

<div><br></div><div>If there is nothing set up for something like above, i would like to play around with the code to figure it out. If this is the case, could somebody direct me to a starting point.</div><div><br></div>
<div>
Thank you&nbsp;</div><div>Amit</div>
</div><br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
</html>