Hi Berk,<div><br></div><div>Thank you for the response.<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div>I have obtained distributions with in infinite wall by simulating with an softer wall<br>
and unbiasing with configurations with the wall potential.<br></div></blockquote><div><br></div><div>Could you explain the above ? I am not sure if i get your point.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>But if you need the dynamics, or you want less hassle during the simulation,<br>you will have to do a bit more effort in coding an infinitely hard wall.<br><br>You will not only have to inverse the velocity, but also mirror the position<br>
of the particle in the wall. </div></blockquote><div><br></div><div>That&#39;s true. I am sorry i didnt mention that.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>This should on require a few lines of code in do_update_md<br>in src/mdlib/update.c.<br></div></blockquote><div><br></div><div>Great, I will try this as soon as possible. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div><br>Note that this will only work easily when you do not have constraints present.<br>With constraints things get much more complicated.<br></div></blockquote><div><br></div><div>I do have constraints present. Thank you for pointing this. I am working with SPC water and I should, in principle be able to figure out the co-ordinates of all atoms in the molecule if I am given one of the water&#39;s atom&#39;s co-ordinate. Does that sound ok?</div>
<div><br></div><div>Thanks for the input again,</div><div>Amit</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div><br>Berk<br><br><hr>Date: Thu, 22 Oct 2009 14:34:06 -0700<br>
From: <a href="mailto:kgp.amit@gmail.com" target="_blank">kgp.amit@gmail.com</a><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>Subject: [gmx-users] Setting up an infinitely hard wall<div>
<div></div><div class="h5"><br><br><div>Hi everyone,</div><div><br></div><div>I am sending this email again hoping for any quick input for my question.</div><div><br></div><div>
<br></div><div><div><br></div><div>I have been trying to set up an &quot;infinitely&quot; hard potential wall. </div><div><br></div><div>I tried to use the available wall options and could not really get it to do what i needed. I wanted a steep repulsive potential but when i created that, the system was blowing up, reason being that it requires smaller time step and i cant afford to have smaller time step. </div>


<div><br></div><div>My idea to overcome this issue is to just reverse the velocity of the particle whenever it hits the wall. I am not sure if there is any thing in GROMACS which does this but any suggestions will be very helpful.</div>


<div><br></div><div>If there is nothing set up for something like above, i would like to play around with the code to figure it out. If this is the case, could somebody direct me to a starting point.</div><div><br></div>

<div>
Thank you </div><div>Amit</div>
</div><br>                                               <br></div></div><hr>New Windows 7: Find the right PC for you. <a href="http://windows.microsoft.com/shop" target="_blank">Learn more.</a></div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div>