<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>On Oct 23, 2009, at 9:45 AM, Amit Choubey wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 23, 2009 at 12:33 AM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"> <div style="word-wrap:break-word"><br><div><div class="im"><div>On Oct 22, 2009, at 11:28 PM, Amit Choubey wrote:</div><br><blockquote type="cite"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 22, 2009 at 9:53 AM, S hv <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:solar30@hotmail.com" target="_blank">solar30@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <div> Hi,<br><br>I am currently working with peptide/lipids interactions using the martini force field. I want to built a bacterial membrane, so I trying to find the <br> topology of the POPG lipid but until now without success.&nbsp; <br> </div></blockquote><div>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><br>In the martini_v2.0_lipids.itp file, the PG lipids are no included. I have seen some works using the martini force field and POPG lipids, e.g., " The molecular mechanism monolayer PNAS 105, 10803-10808", but they don't specify the topology of POPG lipids.<br> </div></blockquote><div><br></div><div>You&nbsp;can&nbsp;do&nbsp;this&nbsp;on&nbsp;your&nbsp;own&nbsp;just&nbsp;pull&nbsp;out&nbsp;the&nbsp;atomic&nbsp;structure&nbsp;of&nbsp;DPPC&nbsp;and&nbsp;POPG&nbsp;from&nbsp;any&nbsp;website.&nbsp;Compare&nbsp;atomistic&nbsp;DPPC&nbsp;with&nbsp;the&nbsp;Coarse&nbsp;Grained&nbsp;DPPC&nbsp;and&nbsp;it&nbsp;wont&nbsp;be&nbsp;hard&nbsp;to&nbsp;figure&nbsp;out&nbsp;the&nbsp;POPG&nbsp;CG&nbsp;topology.&nbsp;</div> </div></blockquote></div>That is certainly not that easy. A lot of parameterizations efforts have to be</div><div>involved.&nbsp;</div></div></blockquote><div><br></div><div>No, thats easy because you are working with a coarse grained model. There are are only few types of particles possible. The only tricky ones are the head groups which the paper does mention.&nbsp;</div></div></blockquote>If the bead type is given in the paper then the work is easier.</div><div>My point is that assimilate CG with simple is a big mistake!<br><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"> <blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; "><div style="word-wrap:break-word"><div><div class="im"><br><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"> <div><br> </div><div>BTW, the paper does give a short description about the topology of POPG</div></div></blockquote></div>The best is probably to ask the authors of that paper to share their topology,</div><div>which they should.</div> <div class="im"><div><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote"><div><font face="Times"><span style="border-collapse:collapse;font-size:medium"><br> </span></font></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <div><br>I also tried in the martini web page, but I just found the martini_v2.0_lipids.itp file.&nbsp; <br> <br>Could anyone help me to find such topology? <br><br>Thanks a lot for your time,<br><br>Salvador<br>                                               <br> <hr>Windows Live: Make it easier for your friends to see  <a href="http://www.microsoft.com/middleeast/windows/windowslive/see-it-in-action/social-network-basics.aspx?ocid=PID23461::T:WLMTAGL:ON:WL:en-xm:SI_SB_2:092009" target="_blank">what you’re up to on Facebook.</a></div> <br>_______________________________________________<br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br> _______________________________________________<br> gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></blockquote></div><br></div></div><br>_______________________________________________<br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br> _______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br></body></html>