Hi. <div>I need to create a topology file for a small organic molecule that is to interact non- covalently with a DNA duplex. I want to use the amber99 force field.</div><div>I saw on this mailing list that you can use acpypi with antichamber to create a topology for amber force fields. I got the amber10 tools and installed but I couldn&#39;t find any more information on how to get the antichamber package to work. I am finding this all very complicated since I am not an expert in the unix language, so if anyone knows about a good beginners tutorial on how to install antichamber and acpypi could you please let me know were to find it.</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Another question is, how difficult is it to create the topology for the molecule by hand for the amber99 force field. Could someone please get me started on that, if it would be easier. The molecule is a derivative of cytosine.</div>
<div>I am using GROMACS 4 on Mac OS 10.5</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Thanks.</div>