<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><div>Hi everyone. &nbsp;I'm doing some simulations of a phosphorylated peptide. &nbsp;Right now, I'm using the amber force field with some parameters that were obtained for charged phosphorylated amino acids in a paper I found. &nbsp;Now I want to simulate uncharged phosphate groups, but the paper only gave parameters for -1 and -2 charge states. &nbsp;I'm stuck on this. &nbsp;I'm only missing two bond parameters. &nbsp;They are the OH-P-OH angle and the HO-OH-P-OH dihedral, where the atom type names are shown below:</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; O2 (-)</div><div>&nbsp;&nbsp; | |</div><div>R-P-OH-HO</div>&nbsp;&nbsp; | |<div>&nbsp;&nbsp;O2<br>(-1 charge)</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; O2</div><div>&nbsp;&nbsp; | |</div><div>R-P-OH-HO</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;|</div><div>&nbsp;&nbsp; OH</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;|</div><div>&nbsp;&nbsp;
 HO</div><div>(neutral)</div><div><br></div><div>Is there some way of getting these parameters? &nbsp;Once that is done, I still would need to assign charges. &nbsp;Does anyone have any idea what the best way forward would be? &nbsp;I would prefer to stay in the amber force field, but if that's not possible I'm open to others.</div><div><br></div><div>Thanks for your time!</div></td></tr></table><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com