Hi ALL,<br><br>I am facing a strange problem, while aligning a protein molecule in a lipid bilayer. I am using the center coordinates of the lipid .gro file (values in the last line of .gro) with -box option of editconf to properly align the protein with the bilayer. Now the problem is that the protein is in the middle of the bilayer, but it is parallel to the bilayer. I need to rotate it by 90 degrees to make it perpendicular with the bilayer (which is normal with any protein-lipid complex.). But I am not able to do this with editconf or any other command. Please suggest how to do this. Any suggestion is welcome. Thanks a lot.<br>
<br>Regards,<br><br>Anirban<br>