<div>Hi everybody,<br></div><div>     I have come across some problem when using genbox, genconf and editconf try to make a box with a certain density and a certain number of polymer chains.</div><div>First, I use genbox to have one polymer chain filled in the box without any solvent.Then I use genconf to pile up 27 polymer chains ,after that I use editconf to designate a density of  0.3 g/ml to attain the final goal. When I finish it, i find that all the bond that connect the atoms are gone and all the atoms disperse in the box.</div>
<div>    In another try, I first use a pdb file which contains only one polymer chain to genconf a box with 27polymer chain, and then use editconf to designate the density, but finally I get a box with lots of bonds that might not present in a normal structure, like a carbon was bonded with a 3 or 4 or even more atoms distance long and the bonds connect with it is overcount. What is the prolem? How can I fix it? </div>
<div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div>Celeste</div>