okk...here are the commands which I am givng...<div><br></div><div>editconf -f 1SU4_cleancg_trans.gro -o 1SU4_newbox.gro -c -box 13.29820 13.29820 6.59160</div><div><br></div><div>I get the 1SU4_newbox.gro which has co-ordinates 13.29820 13.29820 6.59160</div>
<div><br></div><div>cat 1SU4_newbox.gro lipid.gro &gt; system..gro</div><div><br></div><div>Now here system.gro also has co-ordinates 13.29820 13.29820 6.59160</div><div><br></div><div>now inflategro:</div><div><br></div>
<div>inflategro system.gro 4 DSPC 14 -o inflated_bilayer.gro 5</div><div><br></div><div>Now when i visualize my output file in VMD then protein and lipid are seperated and even after i scale it to .95 they dnt meet....they are still apart, I was hoping that lipid will be scaled and protein shud have remained in the center of the lipid but that doesn&#39;t happen. I hope you got my question<br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 29, 2009 at 4:25 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
sunny mishra wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Yes I did the same and when I see my system.gro file it gives me the dimensions of the protein box half of the lipid bilayer box so that means it should now be set in the center of the lipid bilayer. But after <br>
</blockquote>
<br></div>
I don&#39;t understand what you mean.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
that when I run the inflategro script and see my output file the protein and lipid are separated and I dnt know why?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Can you post the actual commands you&#39;re using?<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>