<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><FONT size=4><FONT size=2><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'">
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">Dear all,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>I am dealing with a POPC+PEPTDE+WATER system. Basic residues of the peptide make hydrogen bonds with lipid headgroup (as reflected from g_rdf analysis) and the number of hydrogen bonds formed can be calculated from g_hbond program. Now, i want to calculate the % of trajectory time for which a bond between a particular group (say LYS and lipid headgroup po4) exist. -hbm gives a .xpm matrix, on solving (using xpm2ps) that i got a .eps file, which is a picture file of h_bond existence map, but the data sheet is not given.<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">Can any one help me to solve this problem?<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">With regards,<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN style="FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">Moutusi Manna<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=PreformattedText style="MARGIN: 0in 0in 0pt; TEXT-ALIGN: justify"></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV></FONT></td></tr></table><br>



      <!--10--><hr size=1></hr> Add whatever you love to the Yahoo! India homepage. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_metro_3/*http://in.yahoo.com/trynew" target="_blank">Try now!</a>