<html>
<body>
<div style='font: 12pt sans-serif;'>
  
    
  
  Hi all!
  <br />I just wonder if anyone run (know solution) into a problem trying to project a trajectory on the eigenvector(s) (with g_anaeig -proj ) from covariace matrix.
  <br />All projections I have calculated are nan. However, the eigenvalues are OK and the g_anaeig -comp -v2 -eig2 -over options works OK so eigenvectors seems are OK  (but g_anaeig -2d fails to nan too). I am using gromacs-4.0.5 on x86-64 CentOS5 (compiled with gcc-34).
  <br />Regards,
  <br />Alex.
  <br />P.S. The sequence of commands that reveals the problem is attached bellow:
  <br />
  <br />g_covar_d -f sss_mdsi_1000.trr -s sss_mdsi_1000.tpr -n sss.ndx -o sss_1000_eigenval.xvg -xpm sss_1000_covar.xpm -v sss_1000_eigenvec.trr -mwa  -l
  <br />...
  <br />Option     Filename  Type         Description
  <br />------------------------------------------------------------
  <br />  -f sss_mdsi_1000.trr  Input        Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  <br />  -s sss_mdsi_1000.tpr  Input        Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96
  <br />                                   pdb
  <br />  -n        sss.ndx  Input, Opt!  Index file
  <br />  -o sss_1000_eigenval.xvg  Output       xvgr/xmgr file
  <br />  -v sss_1000_eigenvec.trr  Output       Full precision trajectory: trr trj
  <br />                                   cpt
  <br /> -av    average.pdb  Output       Structure file: gro g96 pdb
  <br />  -l      covar.log  Output       Log file
  <br />-ascii    covar.dat  Output, Opt. Generic data file
  <br />-xpm sss_1000_covar.xpm  Output, Opt! X PixMap compatible matrix file
  <br />-xpma    covara.xpm  Output, Opt. X PixMap compatible matrix file
  <br />
  <br />Option       Type   Value   Description
  <br />------------------------------------------------------
  <br />-[no]h       bool   no      Print help info and quit
  <br />-nice        int    19      Set the nicelevel
  <br />-b           time   0       First frame (ps) to read from trajectory
  <br />-e           time   0       Last frame (ps) to read from trajectory
  <br />-dt          time   0       Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  <br />-tu          enum   ps      Time unit: ps, fs, ns, us, ms or s
  <br />-[no]xvgr    bool   yes     Add specific codes (legends etc.) in the output
  <br />                            xvg files for the xmgrace program
  <br />-[no]fit     bool   yes     Fit to a reference structure
  <br />-[no]ref     bool   no      Use the deviation from the conformation in the
  <br />                            structure file instead of from the average
  <br />-[no]mwa     bool   yes     Mass-weighted covariance analysis
  <br />-last        int    -1      Last eigenvector to write away (-1 is till the
  <br />                            last)
  <br />-[no]pbc     bool   yes     Apply corrections for periodic boundary conditions
  <br />
  <br />Reading file sss_mdsi_1000.tpr, VERSION 4.0.5 (double precision)
  <br />Reading file sss_mdsi_1000.tpr, VERSION 4.0.5 (double precision)
  <br />
  <br />Choose a group for the least squares fit
  <br />Group     0 (      System) has 31748 elements
  <br />...
  <br />Group    20 ( active_site) has    54 elements
  <br />Select a group: 20
  <br />Selected 20: 'active_site'
  <br />
  <br />Choose a group for the covariance analysis
  <br />Group     0 (      System) has 31748 elements
  <br />...
  <br />Group    20 ( active_site) has    54 elements
  <br />Select a group: 20
  <br />Selected 20: 'active_site'
  <br />Calculating the average structure ...
  <br />trn version: GMX_trn_file (double precision)
  <br />Last frame       2000 time 2000.000 
  <br />
  <br />Constructing covariance matrix (162x162) ...
  <br />Last frame       2000 time 2000.000 
  <br />Read 2001 frames
  <br />
  <br />Trace of the covariance matrix: 6.22756 (u nm^2)
  <br />
  <br />100%
  <br />Diagonalizing ...
  <br />
  <br />Sum of the eigenvalues: 6.22756 (u nm^2)
  <br />
  <br />Writing eigenvalues to sss_1000_eigenval.xvg
  <br />
  <br />Writing reference, average structure &amp; eigenvectors 1--162 to sss_1000_eigenvec.trr
  <br />
  <br />Wrote the log to covar.log
  <br />
  <br />gcq#86: "Shake Barrels Of Whisky Down My Throat" (Throwing Muses)
  <br />
  <br />
  <br />
  <br />g_anaeig_d -v sss_1000_eigenvec.trr -eig sss_1000_eigenval.xvg -v2 sss_1000_eigenvec.trr -eig2 sss_1000_eigenval.xvg -f sss_mdsi_1000.trr -s sss_mdsi_1000.tpr -first 1 -last 10 -n sss.ndx -proj -over
  <br />
  <br />...
  <br />
  <br />Option     Filename  Type         Description
  <br />------------------------------------------------------------
  <br />  -v sss_1000_eigenvec.trr  Input        Full precision trajectory: trr trj
  <br />                                   cpt
  <br /> -v2 sss_1000_eigenvec.trr  Input, Opt!  Full precision trajectory: trr trj
  <br />                                   cpt
  <br />  -f sss_mdsi_1000.trr  Input, Opt!  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  <br />  -s sss_mdsi_1000.tpr  Input, Opt!  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96
  <br />                                   pdb
  <br />  -n        sss.ndx  Input, Opt!  Index file
  <br />-eig sss_1000_eigenval.xvg  Input, Opt!  xvgr/xmgr file
  <br />-eig2sss_1000_eigenval.xvg  Input, Opt!  xvgr/xmgr file
  <br />-comp   eigcomp.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file
  <br />-rmsf   eigrmsf.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file
  <br />-proj      proj.xvg  Output, Opt! xvgr/xmgr file
  <br /> -2d     2dproj.xvg  Output, Opt. xvgr/xmgr file
  <br /> -3d     3dproj.pdb  Output, Opt. Structure file: gro g96 pdb
  <br />-filt  filtered.xtc  Output, Opt. Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  <br />-extr   extreme.pdb  Output, Opt. Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  <br />-over   overlap.xvg  Output, Opt! xvgr/xmgr file
  <br />-inpr    inprod.xpm  Output, Opt. X PixMap compatible matrix file
  <br />
  <br />Option       Type   Value   Description
  <br />------------------------------------------------------
  <br />-[no]h       bool   no      Print help info and quit
  <br />-nice        int    19      Set the nicelevel
  <br />-b           time   0       First frame (ps) to read from trajectory
  <br />-e           time   0       Last frame (ps) to read from trajectory
  <br />-dt          time   0       Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  <br />-tu          enum   ps      Time unit: ps, fs, ns, us, ms or s
  <br />-[no]w       bool   no      View output xvg, xpm, eps and pdb files
  <br />-[no]xvgr    bool   yes     Add specific codes (legends etc.) in the output
  <br />                            xvg files for the xmgrace program
  <br />-first       int    1       First eigenvector for analysis (-1 is select)
  <br />-last        int    10      Last eigenvector for analysis (-1 is till the
  <br />                            last)
  <br />-skip        int    1       Only analyse every nr-th frame
  <br />-max         real   0       Maximum for projection of the eigenvector on the
  <br />                            average structure, max=0 gives the extremes
  <br />-nframes     int    2       Number of frames for the extremes output
  <br />-[no]split   bool   no      Split eigenvector projections where time is zero
  <br />-[no]entropy bool   no      Compute entropy according to the Quasiharmonic
  <br />                            formula or Schlitter's method.
  <br />-temp        real   298.15  Temperature for entropy calculations
  <br />-nevskip     int    6       Number of eigenvalues to skip when computing the
  <br />                            entropy due to the quasi harmonic approximation.
  <br />                            When you do a rotational and/or translational fit
  <br />                            prior to the covariance analysis, you get 3 or 6
  <br />                            eigenvalues that are very close to zero, and
  <br />                            which should not be taken into account when
  <br />                            computing the entropy.
  <br />
  <br />trn version: GMX_trn_file (double precision)
  <br />Read mass weighted reference structure with 54 atoms from sss_1000_eigenvec.trr
  <br />Read mass weighted average/minimum structure with 54 atoms from sss_1000_eigenvec.trr
  <br />Read 162 eigenvectors (for 54 atoms)
  <br />
  <br />Read 162 eigenvalues from sss_1000_eigenval.xvg
  <br />Read mass weighted reference structure with 54 atoms from sss_1000_eigenvec.trr
  <br />Read mass weighted average/minimum structure with 54 atoms from sss_1000_eigenvec.trr
  <br />Read 162 eigenvectors (for 54 atoms)
  <br />
  <br />Read 162 eigenvalues from sss_1000_eigenval.xvg
  <br />Reading file sss_mdsi_1000.tpr, VERSION 4.0.5 (double precision)
  <br />Reading file sss_mdsi_1000.tpr, VERSION 4.0.5 (double precision)
  <br />
  <br />Note: the structure in sss_mdsi_1000.tpr should be the same
  <br />      as the one used for the fit in g_covar
  <br />
  <br />Select the index group that was used for the least squares fit in g_covar
  <br />Group     0 (      System) has 31748 elements
  <br />...
  <br />Group    20 ( active_site) has    54 elements
  <br />Select a group: 20
  <br />Selected 20: 'active_site'
  <br />
  <br />Select an index group of 54 elements that corresponds to the eigenvectors
  <br />Group     0 (      System) has 31748 elements
  <br />...
  <br />Group    20 ( active_site) has    54 elements
  <br />Select a group: 20
  <br />Selected 20: 'active_site'
  <br />
  <br />RMSD (without fit) between the two average structures: 0.000 (nm)
  <br />
  <br />10 eigenvectors selected for output: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
  <br />Last frame       2000 time 2000.000 
  <br />
  <br />Calculating overlap between eigenvectors of set 2 with eigenvectors
  <br />1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
  <br />
  <br />Will compare the covariance matrices using 162 dimensions
  <br />Trace of the two matrices: 6.22756 and 6.22756
  <br />Square root of the traces: 2.49551 and 2.49551
  <br />The overlap of the covariance matrices:
  <br />  normalized:  1.000
  <br />       shape:  1.000
  <br />
  <br />gcq#334: "Aber wenn der Quarterback kommt, um dir die Brille abzunehmen Sag ihm: Danke die bleibt wo sie ist" (Wir sind Helden)
  <br />
  <br />
  <br />
  <br />
  <br />


</div></body>
</html>