hi,<br><br>I am simulating a protein complex. The peptide in the complex has PRO at the N-terminal.<br>I run pdb2gmx and choose PRO-NH as the cap for the respective N-terminal.<br><br>pdb2gmx_4mpi -f xyz.pdb -o  -ter -ignh -o conf.gro <br>
<br>Select N-terminus type (start)<br> 0: PRO-NH2+<br> 1: PRO-NH<br> 2: NH3+<br> 3: None<br>1<br>N-terminus: PRO-NH<br><br>Then I follow the following steps:<br><br>editconf_4mpi -f conf.gro -bt cubic -d 1.5 -c -o out.gro<br>
<br>genbox_4mpi -cp out.gro -cs spc216.gro -o solvated.gro -p topol.top <br><br>grompp_4mpi -f xyz.mdp -c solvated.gro -p topol.top -o xyz.tpr<br><br>grompp displays the following error:<br><br>ERROR 1 [file topol_B.itp, line 1283]:<br>
  No default Proper Dih. types<br><br>**following is line 1283 of topol_B.itp:<br><br>[ dihedrals ]<br>;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5<br>    6     1     3     4     1                                                                                                #THIS IS EMPTY<br>
    3     1     6     5     1    gd_19<br>    1     3     4     5     1    gd_17<br>    1     3     7     9     1    gd_20<br>    3     4     5     6     1    gd_17<br><br>Atoms 1-6 come from the terminal PRO and are defined like this in the topology:<br>
<br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>     1          N      1    PRO      N      1      -0.28    14.0067   ; qtot -0.28<br>     2          H      1    PRO      H      1       0.28      1.008   ; qtot 0<br>
     3        CH1      1    PRO     CA      2          0     13.019   ; qtot 0<br>     4        CH2      1    PRO     CB      2          0     14.027   ; qtot 0<br>     5        CH2      1    PRO     CG      3          0     14.027   ; qtot 0<br>
     6        CH2      1    PRO     CD      3          0     14.027   ; qtot 0<br>     7          C      1    PRO      C      4       0.38     12.011   ; qtot 0.38<br>     8          O      1    PRO      O      4      -0.38    15.9994   ; qtot 0<br>
<br><br>Now I do not encounter this problem when I choose PRO-NH2+ as the N-terminal cap. The diehedral is defined for NH2+ cap.<br>I am unable to understand that why grompp gives a diehedral error for PRO-NH and everything is fine if I use PRO-NH2+.<br>
<br>Any help that how can I overcome this problem if I want to use PRO-NH as N-terminal cap.<br><br><br><br>Thanks,<br><br>Vivek,<br>Graduate Student,<br>IITK.<br> <br><br><br>          <br><br><br><br><br><br><br>