Hi everyone !!<br><br>I am having  a problem using pdb2gmx command.
Using the command on my input pdb file, it results saying Fatal error:
Atom O in residue CCMT 1 not found in rtp entry with 38 atoms while
sorting atoms. I do not have only &quot;O&quot; either in input pdb file or in
rtp file. and its O and not 0 (zero).<br>

<br>My part of input files reads as  <br><br>ATOM      1 N    CCMT   1      -2.521  -2.813   2.083  0.00  0.00<br>ATOM      2 CA   CCMT   1      -2.925  -1.739   1.166  0.00  0.00<br>ATOM      3 C    CCMT   1      -1.711  -0.842   0.859  0.00  0.00<br>


ATOM      4 CB   CCMT   1      -4.034  -0.895   1.821  0.00  0.00<br>ATOM      5 SG   CCMT   1      -4.523   0.408   0.710  0.00  0.00<br>ATOM      6 SD   CCMT   1      -5.981   1.512   1.567  0.00  0.00<br>ATOM      7 CE   CCMT   1      -7.394   0.480   1.895  0.00  0.00<br>


ATOM      8 CZ   CCMT   1      -6.988  -0.662   2.846  0.00  0.00<br>ATOM      9 CH   CCMT   1      -7.604  -2.072   2.895  0.00  0.00<br>ATOM     10 CH1  CCMT   1      -8.797  -2.090   3.869  0.00  0.00<br>ATOM     11 CH2  CCMT   1      -8.096  -2.574   1.525  0.00  0.00<br>


ATOM     12 CI   CCMT   1      -5.986  -1.995   4.476  0.00  0.00<br>ATOM     13 CI1  CCMT   1      -4.582  -2.406   4.958  0.00  0.00<br>ATOM     14 CI2  CCMT   1      -6.931  -2.001   5.692  0.00  0.00<br>ATOM     15 CK   CCMT   1      -6.018  -0.615   3.792  0.00  0.00<br>


ATOM     16 NT1  CCMT   1      -6.486  -2.876   3.411  0.00  0.00<br>ATOM     17 OC1  CCMT   1      -0.511  -1.346   0.867  0.00  0.00<br>ATOM     18 OC2  CCMT   1      -1.885   0.420   0.592  0.00  0.00<br>ATOM     19 OT1  CCMT   1      -6.836  -4.122   3.830  0.00  0.00<br>


ATOM     20 H    CCMT   1      -1.801  -3.362   1.658  0.00  0.00<br>ATOM     21 HA   CCMT   1      -3.292  -2.165   0.256  0.00  0.00<br>ATOM     22 HB1  CCMT   1      -4.878  -1.518   2.033  0.00  0.00<br>ATOM     23 HB2  CCMT   1      -3.668  -0.468   2.731  0.00  0.00<br>


ATOM     24 HE1  CCMT   1      -7.754   0.067   0.976  0.00  0.00<br>ATOM     25 HE2  CCMT   1      -8.165   1.065   2.350  0.00  0.00<br>ATOM     26 HH11 CCMT   1      -9.175  -3.088   3.952  0.00  0.00<br>ATOM     27 HH21 CCMT   1      -8.875  -1.932   1.170  0.00  0.00<br>


ATOM     28 HH12 CCMT   1      -8.477  -1.749   4.832  0.00  0.00<br>ATOM     29 HH22 CCMT   1      -7.283  -2.566   0.829  0.00  0.00<br>ATOM     30 HH13 CCMT   1      -9.567  -1.446   3.500  0.00  0.00<br>ATOM     31 HH23 CCMT   1      -8.471  -3.571   1.624  0.00  0.00<br>


ATOM     32 HI11 CCMT   1      -4.241  -1.712   5.697  0.00  0.00<br>ATOM     33 HI21 CCMT   1      -6.956  -2.982   6.119  0.00  0.00<br>ATOM     34 HI12 CCMT   1      -4.624  -3.387   5.383  0.00  0.00<br>ATOM     35 HI22 CCMT   1      -6.577  -1.303   6.422  0.00  0.00<br>


ATOM     36 HI13 CCMT   1      -3.906  -2.405   4.128  0.00  0.00<br>ATOM     37 HI23 CCMT   1      -7.915  -1.722   5.380  0.00  0.00<br>ATOM     38 HK   CCMT   1      -5.391   0.221   4.019  0.00  0.00<br><br>and my part of .rtp file is <br>


[ CCMT ]<br> [ atoms ]<br>     N    amber99_34  -0.396165    1<br>     H    amber99_17   0.295187    2<br>    CA    amber99_11  -0.073501    3<br>    HA    amber99_19   0.140510    4<br>    CB    amber99_11  -0.221371    5<br>


   HB1    amber99_19   0.146537    6<br>   HB2    amber99_19   0.146537    7<br>    SG    amber99_48  -0.285182    8<br>    SD    amber99_68  -0.08        9 ;SM<br>    CE    amber99_69  -0.10       10<br>   HE1    amber99_70  -0.09       11<br>


   HE2    amber99_70  -0.09       12<br>    CZ    amber99_71  -0.003      13<br>    CH    amber99_73   0.334      14<br>   CH1    amber99_74  -0.337      15<br>  HH11    amber99_76   0.090      16<br>  HH12    amber99_76   0.090      17<br>


  HH13    amber99_76   0.090      18<br>   CH2    amber99_74  -0.337      19<br>  HH21    amber99_76   0.090      20<br>  HH22    amber99_76   0.090      21<br>  HH23    amber99_76   0.090      22<br>   NT1    amber99_77   0.220      23<br>


   OT1    amber99_78  -0.438      24<br>    CI    amber99_75   0.329      25<br>   CI1    amber99_74  -0.337      26<br>  HI11    amber99_76   0.090      27<br>  HI12    amber99_76   0.090      28<br>  HI13    amber99_76   0.090      29<br>


   CI2    amber99_74  -0.337      30<br>  HI21    amber99_76   0.090      31<br>  HI22    amber99_76   0.090      32<br>  HI23    amber99_76   0.090      33<br>    CK    amber99_72  -0.340      34<br>    HK    amber99_79   0.162      35<br>


     C    amber99_2    0.643035   36<br>   OC1    amber99_45  -0.79810    37<br>   OC2    amber99_45  -0.79810    38<br><br>Any help is heartly welcomed.<br>Thanks in advance<br><br>Chandan<br clear="all"><br>-- <br>Chandan kumar Choudhury<br>

NCL, Pune<br>INDIA<br>