Centering on one atom has a problem that the lipid diffuses in the plane of the membrane, and as a result, the entire system starts to center around the lipid resulting in a simulation box which translates a lot in the bilayer plane. <br>
<br>The splitting is not a problem, yes. But during the simulation period when the bilayer is not split, it diffuses quite a bit along the bilayer normal (after use of -pbc mol, and centering around the lipid center of mass). a plot of the lipid center of mass shows the bilayer diffusing along z, when its not split.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Nov 5, 2009 at 2:25 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
On Nov 5, 2009, at 2:02 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
maria goranovic wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I did use -pbc nojump, but that does not help<br>
</blockquote>
<br>
What about entering on a central lipid tail atom, I suggested some time ago? The bilayer probably just splits across periodic boundaries, so this is not really a problem; just a visualization artefact.<br>
</blockquote></div>
The splitting is not a problem and I think that centering using one lipid (tail) won&#39;t change the problem if<br>
the bilayer is cut half! Or the -pbc mol should be applied ...<div><div></div><div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
The drift is about 1 nm per 10 microseconds .<br>
(this is a martini simulation)<br>
On Thu, Nov 5, 2009 at 1:02 PM, XAvier Periole &lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl" target="_blank">x.periole@rug.nl</a> &lt;mailto:<a href="mailto:x.periole@rug.nl" target="_blank">x.periole@rug.nl</a>&gt;&gt; wrote:<br>

   On Nov 5, 2009, at 12:09 PM, maria goranovic wrote:<br>
       Hello All (and especially Berk)<br>
       This is an update of the problem that I was facing earlier. I<br>
       used to tau_p of 3.0 ps, and the problem does not go away, the<br>
       bilayers still drifts in the simulation box.  So this is<br>
       probably a bug then?<br>
   How much is the drift (nm/ns)? Did you use removal of center of mass<br>
   of the entire system of<br>
   bilayer/solvent separately?<br>
       I still cannot understand how to put the bilayer back into the<br>
       center of the simulation box. As suggested by Justin, I tried to<br>
       use just one tail atom of a lipid for centering, but that did<br>
       not work either.<br>
       I noticed that my bilayer, which is initially at the center of<br>
       the simulation box, separates into two leaflets at the box edges<br>
       from the very first step of the simulation itself, but i am not<br>
       able to correct that using the -center and -boxcenter zero<br>
       options. Can someone please make a suggestion and help?<br>
   You have to do use -pbc nojump first and then center ...<br>
       Thank you so much<br>
       -Maria<br>
       --         Maria G.<br>
       Technical University of Denmark<br>
       Copenhagen<br>
       _______________________________________________<br>
       gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
       <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
       Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
       before posting!<br>
       Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
       www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
       &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
       Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/</a>users.php<br>
   _______________________________________________<br>
   gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
   Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
   posting!<br>
   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww<br>
   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
   Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
-- <br>
Maria G.<br>
Technical University of Denmark<br>
Copenhagen<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div><div></div><div class="h5">
<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>