<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Dear all,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; how can i calculate the root-mean-square fluctuation (R<span>MSF)</span>(<span style="font-weight: bold;">last 5ns</span>) of a group of atoms <span style="font-weight: bold;">relative to their equilibrium position</span>?<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; the command i have used&nbsp; is <br>
g_rmsf -f mer.xtc -s md_1ns.tpr -n group.ndx -o rmsf.xvg -nice 4 -b 35000 -e 36000 <span style="font-weight: bold;"><br>
</span>where, md_1ns.tpr is the starting tpr for the production run.<br>
Is this one correct? if not please suggest me the command for rmsf calculation after fitting <span style="font-weight: bold;">to a referencee frame</span>?<br>
Again the output file is like.........(with 10 atoms in a group)<br>
----------------------------------------------------------------------------<br>
# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat<br>
#<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; title "RMS fluctuation"<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Atom"<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "(nm)"<br>
@TYPE xy<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.0993<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.0679<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.0468<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 0.1339<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 0.0680<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 0.0675<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 0.0141<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 0.1053<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 0.1004<br>
&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 0.0966<br>
--------------------------------------------------------------<br>
Can i get a single value for the whole group, except the rmsf values for each atoms in the group?<br>
with regards,<br>
<br>
Moutusi Manna<br>
<br>
<br>
<br></td></tr></table><br>
      <!--3--><hr size=1></hr> Try the new Yahoo! India Homepage. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_metro_1/*http://in.yahoo.com/trynew" target="_blank"> Click here</a>.