<font color='black' size='2' face='arial'>


    <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
    <title></title>
    <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Linux)">
    <style type="text/css">
    <!--
                @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
    </style>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Dear gmx users</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">i'm trying to run gromacs
4.0.5 (mdrun<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> with replica exchange</font></font>) in parallel on a cluster, with the command:</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><br>

</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">mpirun -np n  mdrun_mpi<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> -multi m</font></font> 
(.........<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">other</font></font> mdrun options....)</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><br>

</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">(where n is the number of
“processes”<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> and m the n. of replicas</font></font>)</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><br>

</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">and after some time it
stops writing in the output files, .log, .edr, .xtc...., although
from “top” it seems it's still running. It stops writing
“simultaneously” (after the same n. of steps) in&nbsp; <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">all these</font></font>
files, I checked it by plotting energies etc from .edr, and rmsd from
.xtc.</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">I have done many tests
changing the number of processes, their distribution among nodes, the
nst.... options (how frequently to write in output files, <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">in order t</font></font>o check if
the problem was due to file size..), but it always shows the same
kind of behaviour. 
</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">The number of steps
performed before stopping is not constant, but <font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">it </font></font>corresponds to a cpu
time of some minutes, while the same calculations run on a single
processor work fine (for much longer times).</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><br>

</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Does anyone have ideas on
how to solve this problem? ...which input parameters to change...?</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Many thanks in advance</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Elena Molteni 
</div>

</font>