Hi,<br><br>VMD was built to work with NAMD, so the atom names and topologies will not work with GROMACS. I guess you better go to Peter Tieleman site (<a href="http://moose.bio.ucalgary.ca/">http://moose.bio.ucalgary.ca/</a>) and rad there how to do things.<br>
<br>Cheers,<br>Itamar<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 10, 2009 at 8:05 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><a href="mailto:parthiban@ncbs.res.in" target="_blank">parthiban@ncbs.res.in</a> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi<br>
<br>
I have constructed the bilayer with protein molecule in VMD.<br>
<br>
Can any one tell how to start MD from here.<br>
</blockquote>
<br></div>
Follow the methods of whichever tutorial you learned from :-)<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
the initial step - pdb2gmx is not working for this complex(pdb+membrane)<br>
</blockquote>
<br></div>
We&#39;re not omniscient... tell us what you did, what you expected, what you saw and why you think it was not working :-)<br><font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>