<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 10, 2009 at 7:02 PM, Jack Shultz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:js@drugdiscoveryathome.com">js@drugdiscoveryathome.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
I&#39;m trying to get the xtc output. The mdp file has these parameters.<br>
Is the nstxtcout what specifiies it to generate xtc?<br></blockquote><div>yes its the freq of writing co - ordinates </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

nsteps          = 2000          ; Maximum number of (minimization)<br>
steps to perform<br>
nstenergy       = 10            ; Write energies to disk every nstenergy steps<br>
nstxtcout       = 10            ; Write coordinates to disk every<br>
nstxtcout steps<br>
<br>
Do I need to use this -x flag?<br>
mdrun -nice 0 -s em.tpr -x<br>
No xtc was created though<br></blockquote><div>-x is for writing xtc file</div><div><a href="http://manual.gromacs.org/current/online/mdrun.html">http://manual.gromacs.org/current/online/mdrun.html</a> should help</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<div><div></div><div class="h5"><br>
On Tue, Nov 10, 2009 at 9:43 PM, Amit Choubey &lt;<a href="mailto:kgp.amit@gmail.com">kgp.amit@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Nov 10, 2009 at 6:31 PM, Jack Shultz &lt;<a href="mailto:js@drugdiscoveryathome.com">js@drugdiscoveryathome.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Actually I guess I need to generate the xtc first before I can get the xvg<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am trying to develop a workflow for this<br>
&gt;&gt; mdrun<br>
&gt;&gt; g dist calculates the distances between the centers of mass of two groups<br>
&gt;&gt; g bond calculates distances between atoms<br>
&gt;&gt; g msd calculates mean square displacements<br>
&gt;&gt; g rms calculates rmsd’s with a reference structure and rmsd matrices<br>
&gt;&gt; g rmsf calculates atomic fluctuations<br>
&gt;&gt; g energy writes energies to xvg files and displays averages<br>
&gt;<br>
&gt; Thats true. First you need to do the simulation &#39;mdrun&#39; and then analyze the<br>
&gt; trajectory (.xtc) and energy (.edr) files generated. It takes quite some<br>
&gt; time to figure out the first step &#39;mdrun&#39; :)<br>
&gt; amit<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Tue, Nov 10, 2009 at 9:24 PM, Amit Choubey &lt;<a href="mailto:kgp.amit@gmail.com">kgp.amit@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; On Tue, Nov 10, 2009 at 6:11 PM, Jack Shultz<br>
&gt;&gt; &gt; &lt;<a href="mailto:js@drugdiscoveryathome.com">js@drugdiscoveryathome.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Hi I am trying to generate xvg files for my simulation. Which<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; parameter do I need to specify?<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; xvg files for what? They are used for data files for 2D plots of<br>
&gt;&gt; &gt; quantities<br>
&gt;&gt; &gt; that can be analyzed...<br>
&gt;&gt; &gt; Can you be more specific?<br>
&gt;&gt; &gt; amit<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Jack<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://drugdiscoveryathome.com" target="_blank">http://drugdiscoveryathome.com</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://hydrogenathome.org" target="_blank">http://hydrogenathome.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; posting!<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt;&gt; &gt; posting!<br>
&gt;&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Jack<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; <a href="http://drugdiscoveryathome.com" target="_blank">http://drugdiscoveryathome.com</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://hydrogenathome.org" target="_blank">http://hydrogenathome.org</a><br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Jack<br>
<br>
<a href="http://drugdiscoveryathome.com" target="_blank">http://drugdiscoveryathome.com</a><br>
<a href="http://hydrogenathome.org" target="_blank">http://hydrogenathome.org</a><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
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