<p>I do command pdb2gmx but follow warning and error is came up:</p>
<p>WARNING: atom H is missing in residue GLY 1 in the pdb file<br>         You might need to add atom H to the hydrogen database of residue GLY<br>         in the file ff???.hdb (see the manual)</p>
<p>Fatal error:<br>There were 1 missing atoms in molecule Protein_A, if you want to use this incomplete topology anyhow, use the option -missing</p>
<p>my pdb file is:</p>
<p>HETATM    1  N   GLY A   1      19.949  29.046  10.462<br>HETATM    2  CA  GLY A   1      19.485  28.078   9.486<br>HETATM    3  C   GLY A   1      20.152  28.247   8.136<br>HETATM    4  O   GLY A   1      19.859  29.193   7.405<br>
HETATM    5 1H   GLY A   1      20.545  29.773  10.181<br>HETATM    6 2HA  GLY A   1      19.690  27.084   9.856<br>HETATM    7 2H   GLY A   1      20.356  28.562  11.250<br>HETATM    8 3H   GLY A   1      19.099  29.546  10.681<br>
HETATM    9 1HA  GLY A   1      18.415  28.236   9.347</p>
<p>and my ffamber03.hdb of gly is</p>
<p>GLY 2<br>1 1 H N -C CA<br>2 6 HA CA N C</p>
<p>NGLY 2<br>3 4 H N CA C<br>2 6 HA CA N C</p>
<p>how I add H to hdb file?</p>