Hi.<div>I am a new user of Gromacs.</div><div><br><div>My question is both PyMol and Gromacs related.</div><div>I tried the PyMol users mailing list but couldn&#39;t find anything.</div><div>I have a small organic molecule that I am inserting into DNA in pymol.</div>
<div>I have the DNA as one pdb file and the organic molecule as another pdb file. I open the DNA file in pymol and then load the organic molecule. After docking the organic molecule I write &quot;save name.pdb&quot;</div>
<div>When viewing the name.pdb file in pymol there are some bonds between the organic molecule and the DNA that I don&#39;t want. Somehow pymol creates them and I don&#39;t see those bonds in the name.pdb file when I open it in a text reader.</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I then create a .gro file with pdb2gmx of the DNA.pdb and a .gro file of the organic molecule with topolbuilder 1.2 , and unite those .gro files and convert into a .pdb with editconf </div>
<div>The newly created pdb file still has those unwanted bonds. </div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>My question is:</div><div>Can I ignore those bonds?</div>
<div>If not, how can I prevent pymol making those bonds?</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Thanks.</div></div>