<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Rasmus,<br>
<br>
>From your previous email I understood that you have only two molecules
(you didn't write that you're using 500 and nothing on the rest of the
system). Apparently, this is not the case. I don't think you can get
what you want from g_hbond without modifying the source code.&nbsp; If you
don't mind 500 runs you can use g_dist -dist, where group 1 is a single
hydrogen bond donor oxygen and group two all potential acceptors, find
the molecules which satisfy your criterion and then run g_hbond on them
if you want to be sure that you have a hydrogen bond that satisfy angle
criteria as well. Tedious, but can work with some scripting and
patience.<br>
<br>
Ran.<br>
<br>
Rasmus "Termo" Lundsgaard wrote:
<blockquote cite="mid4AFC205D.6020409@gmail.com" type="cite">
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
Hi Ran.<br>
  <br>
If I understand you right, then you suggest to have one molecule as
acceptor, and the rest (499) as donors, and then look in the hbnum.xvg
to see how often there is two hydrogen bonds...<br>
  <br>
1. is that I have to do this check for every molecule.<br>
  <br>
2. there is no guaranty that the two hydrogen bonds are to the same
other molecule - it could very well be as a part of a chain...<br>
  <br>
3. If possible I would like to do measurement of distance between
molecules when they are bonded as a dimer...<br>
  <br>
Best regards<br>
Rasmus<br>
  <br>
  <br>
Ran Friedman wrote:
  <blockquote cite="mid:4AFC17CF.1020708@bioc.uzh.ch" type="cite">
    <pre wrap="">Hi Rasmus,

A simple solution would be to run g_hbond twice, with two separate
groups for acetate 1 as donor and acetate 2 as acceptor or vice versa,
check the existence an hydrogen bond with g_hbond -num and write a
script to check when the two hydrogen bonds co-exist.

Hope that helps,
Ran.

Rasmus "Termo" Lundsgaard wrote:
  </pre>
    <blockquote type="cite">
      <pre wrap="">Hi All.

I'm trying to calculate the Hydrogen bond occupancy when there is two
hydrogen bonds between same two acetic acid molecules at the same time.

With g_hbond I can get the hbond.ndx giving me "all ocuring hydrogen
bonds" group and the hbmap.xpm gives me the matrix of when these
hydrogen bonds exist for each timeframe...

How can I calculate the occupancy of when two hydrogen bonds exist
between the same two molecules??


Best regards
Rasmus
    </pre>
    </blockquote>
    <pre wrap=""><!---->

  </pre>
  </blockquote>
  <br>
</blockquote>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
------------------------------------------------------
Ran Friedman
Postdoctoral Fellow
Computational Structural Biology Group (A. Caflisch)
Department of Biochemistry
University of Zurich
Winterthurerstrasse 190
CH-8057 Zurich, Switzerland
Tel. +41-44-6355559
Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:r.friedman@bioc.unizh.ch">r.friedman@bioc.unizh.ch</a>
Skype: ran.friedman
------------------------------------------------------
</pre>
</body>
</html>