<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi Ran.<br>

<br>

If I understand you right, then you suggest to have one molecule as

acceptor, and the rest (499) as donors, and then look in the hbnum.xvg

to see how often there is two hydrogen bonds...<br>

<br>

1. is that I have to do this check for every molecule.<br>

<br>

2. there is no guaranty that the two hydrogen bonds are to the same

other molecule - it could very well be as a part of a chain...<br>

<br>

3. If possible I would like to do measurement of distance between

molecules when they are bonded as a dimer...<br>

<br>

Best regards<br>

Rasmus<br>

<br>

<br>

Ran Friedman wrote:

<blockquote cite="mid:4AFC17CF.1020708@bioc.uzh.ch" type="cite">

  <pre wrap="">Hi Rasmus,

A simple solution would be to run g_hbond twice, with two separate

groups for acetate 1 as donor and acetate 2 as acceptor or vice versa,

check the existence an hydrogen bond with g_hbond -num and write a

script to check when the two hydrogen bonds co-exist.

Hope that helps,

Ran.

Rasmus "Termo" Lundsgaard wrote:

  </pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">Hi All.

I'm trying to calculate the Hydrogen bond occupancy when there is two

hydrogen bonds between same two acetic acid molecules at the same time.

With g_hbond I can get the hbond.ndx giving me "all ocuring hydrogen

bonds" group and the hbmap.xpm gives me the matrix of when these

hydrogen bonds exist for each timeframe...

How can I calculate the occupancy of when two hydrogen bonds exist

between the same two molecules??

Best regards

Rasmus

    </pre>

  </blockquote>

  <pre wrap=""><!---->

  </pre>

</blockquote>

<br>

</body>

</html>