in your previous run you might be saving the trajectory in some other *.trr file . Try appending in that.<div><br></div><div>amit<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 13, 2009 at 9:11 AM, Yi Peng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:muhuohuohuo@gmail.com">muhuohuohuo@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div>Hi, everyone,</div>
<div> </div>
<div>I was using Gromacs-4.0.3 to run my MD calculations parallell on our High performance clusters for a large system which was crashed because I run out the time limits. So I tried to resume my calculations by the script as follows:</div>


<div> </div>
<div>#PBS -N gromacs</div>
<div>#PBS -l walltime=250:00:00<br>#PBS -l nodes=8:ppn=2:quad<br>#PBS -j oe<br>echo Using nodes<br>cat $PBS_NODEFILE<br>module load mpich<br>module load intel-f<br>module load gromacs-4.0.3<br>cd $PBS_O_WORKDIR<br>cd /home/yxp17/impd/impd1/wt_wo<br>

/usr/local/bin/mpiexec mdrun -multi 16 -s md.tpr -cpi state.cpt -append</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>But it will stop and show the message as follows</div>
<div> </div>
<div>&quot;Whatever Happened to Pong ?&quot; (F. Black)</div>
<div>Halting program mdrun</div>
<div>gcq#180: &quot;Whatever Happened to Pong ?&quot; (F. Black)</div>
<div>[0] MPI Abort by user Aborting program !<br>[0] Aborting program!<br>p0_12952:  p4_error: : -1<br>    p4_error: latest msg from perror: No such file or directory</div>
<div>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.0.3<br>Source code file: gmxfio.c, line: 736</div>
<div>Can not open file:<br>traj.trr<br>-------------------------------------------------------<br></div>
<div>How can I solve the problem? Thanks a lot</div>
<div> </div><font color="#888888">
<div>Yi<br></div>
</font><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div>