Hi all,<br>
<br>
I&#39;ve encountered a problem while trying to run Gromacs on my
coarse-grained molecule.  I&#39;ve already performed
the initial energy minimization.  I tried to run the inital MD
simulation, but the job was cut short due to a segmentation fault, as
mentioned in the output file:<br>
<div class="gmail_quote">
<br>^Mstep 0^Mstep 100, will finish Wed Dec 16 16:55:17 2009^Mstep 200,
will finish Wed Dec 16 07:04:11 2009^Mstep 300, will finish Wed Dec 16
12:59:33 2009^Mstep 400, will finish Wed Dec 16 09:02:03 2009^Mstep
500, will finish Wed Dec 16 12:12:01 2009^Mstep 600, will finish Wed
Dec 16 14:18:47 2009^Mstep 700, will finish Wed Dec 16 15:49:22
2009^Mstep 800, will finish Wed Dec 16 13:29:16 2009^Mstep 900, will
finish Wed Dec 16 14:45:15 2009^Mstep 1000, will finish Wed Dec 16
15:46:03 2009<br>
<br>/opt/gridengine/default/spool/<div>compute-0-7/job_scripts/182710:
line 28: 18851 Segmentation fault      (core dumped) $MDRUN -v -nice 0
-np $NSLOTS -s npg3_4.tpr -o npg3_4.trr -c confout.gro -g npg3_4.log -x
npg3_4.xtc -e npg3_4.edr<br>
/opt/gridengine/default/spool/compute-0-7/job_scripts/182710: line 31: -s: command not found<br><br>Does anyone know what could be causing the problem?  Should it be of interest, my em.mdp is included at the bottom.<br>

<br>Thanks for your help!<br><br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>em.mdp<br>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS =<br>title                    =<br>cpp                      = /lib/cpp<br>

include                  =<br>define                   =<br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS =<br>integrator               = steep<br>; start time and timestep in ps =<br>tinit                    = 0<br>dt                       = 0.02<br>



nsteps                   = 1000<br><br>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS =<br>;emtol                    = 0.00001<br>;emstep                   = 0.1<br>;nstcgsteep               = 1000<br><br>emtol                    = 10<br>



emstep                   = 0.01<br>nstcgsteep               = 1000<br><br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br><br>md.mdp<br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS =<br>; MARTINI - Most simulations are stable with dt=40 fs,<br>



; some (especially rings) require 20-30 fs.<br>; The range of time steps used for parametrization<br>; is 20-40 fs, using smaller time steps is therefore not recommended.<br><br>integrator               = md<br>; start time and timestep in ps<br>



tinit                    = 0<br>dt                       = 0.020<br>;nsteps                   = 10000 ; initial step<br>nsteps                           = 10000000 ; 200 ns @ dt=0.02<br><br>; number of steps for center of mass motion removal =<br>



nstcomm                  = 1<br>comm-grps                =<br></div></div><br>