<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I would still say pull_geometry=direction would be the easiest solution for this case,<br>but pull_geometry=position will probably do the same thing.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Sun, 15 Nov 2009 17:11:43 -0500<br>&gt; From: chris.neale@utoronto.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] pull code with defined negative relative displacements<br>&gt; <br>&gt; Hi Berk,<br>&gt; <br>&gt; I do not mean the box 0, and I am aware about the pull distance  <br>&gt; needing to be less than half of the smallest box length. Please allow  <br>&gt; me describe a bit more rigorously what I need to avoid. I will use an  <br>&gt; example that is totally fictitious, but is designed to emphasize the  <br>&gt; bimodal sampling issue that is relevant to my actual study.<br>&gt; <br>&gt; 1. Imagine that one wants to calculate the PMF for a water molecule  <br>&gt; along the normal to an asymmetric bilayer in which one leaflet is POPC  <br>&gt; and the other is lipidA.<br>&gt; <br>&gt; 2. The free energy for that water residing 0.1 nm away from the  <br>&gt; bilayer center in the POPC leaflet (call it -0.1 nm from the bilayer  <br>&gt; center) needs to be calculated separately from the free energy for  <br>&gt; that water residing 0.1 nm away from the bilayer center in the lipidA  <br>&gt; leaflet (call it +0.1 nm from the bilayer center).<br>&gt; <br>&gt; 3. Let the force constant be 500 kJ/mol/nm^2 and let the user apply  <br>&gt; pull_geometry=distance and pull_init1=0.1 while starting the replica  <br>&gt; at 0.1 nm from the bilayer center in two simulations where one takes  <br>&gt; (a) a starting water position that is 0.1 nm toward the POPC  <br>&gt; headgroups and the other takes (b) a starting position of the water to  <br>&gt; be 0.1 nm toward the lipidA headgroups.<br>&gt; <br>&gt; 4. I posit that the probability distributions of the water about the  <br>&gt; bilayer normal from simulations (a) and (b) in part 3 above will  <br>&gt; converge to the same distribution and that this distribution will be  <br>&gt; bimodal with one peak at -0.1 nm and one peak at +0.1 nm. This is  <br>&gt; because the simulation that started at -0.1 (0.1 nm closer to the POPC  <br>&gt; headgroups) will, even under the biasing force, infrequently cross the  <br>&gt; bilayer center of mass and then be closer to the lipidA heagroups. At  <br>&gt; this point. the direction of the applied force will the change to draw  <br>&gt; the water toward the other possible location at +0.1 nm.<br>&gt; <br>&gt; 5a. For displacements &gt;&gt; 0.1 nm, this will not be a problem.<br>&gt; 5b. For larger force constants, this will not be a problem at 0.1 nm,  <br>&gt; but will still be a problem for some closer centers of restraint.<br>&gt; <br>&gt; 6. pull_geometry=distance is entirely incompatible with this approach.<br>&gt; <br>&gt; 7. pull_geometry=position does appear to work.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Thanks for your patience,<br>&gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; -- original message --<br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; Sorry, but I have no clue what you mean with sampling &gt;0<br>&gt; and how you would end up with a bimodal distribution.<br>&gt; <br>&gt; You don't mean the box 0, do you?<br>&gt; That is irrelevant.<br>&gt; What can be a problem is that you pull distance should not be more  <br>&gt; than half the box length.<br>&gt; <br>&gt; Berk<br>&gt; <br>&gt; &gt; Date: Sun, 15 Nov 2009 12:33:30 -0500<br>&gt; &gt; From: chris.neale at utoronto.ca<br>&gt; &gt; To: gmx-users at gromacs.org<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] pull code with defined negative relative displacements<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I only now noticed Justin mail on g_wham.<br>&gt; &gt; &gt; You can probably also use pull_geometry=distance and pull_init=1,<br>&gt; &gt; &gt; if you starting structure has group1 close to 1 nm below group 0.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Agreed, although this will not work when the force constant is not   <br>&gt; &gt; strong enough to inhibit any sampling &gt;0 -- wherein the distribution  <br>&gt; &gt;  about 0 would become bimodal and this is something that I can not  <br>&gt; &gt; allow.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; As far as I can tell, pull_geometry=position, pull_init1&lt;0, and   <br>&gt; &gt; pull_vec1=0 0 0 is the solution, as per my previous message.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thank you,<br>&gt; &gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>