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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>The problem that I fixed last week occured after the use of g_covar -mwa<br>with a fit selection that is not the first N atoms of the system.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 17 Nov 2009 18:03:37 +0100<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] segmentation fault in g_anaeig<br>&gt; From: tsjerkw@gmail.com<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; <br>&gt; Hi Nilu,<br>&gt; <br>&gt; Can you paste the exact commands you entered, and indicate the<br>&gt; selections you made? Oh, and can you check the archives to whether<br>&gt; this is the same problem that was reported a few weeks ago?<br>&gt; <br>&gt; Cheers,<br>&gt; <br>&gt; Tsjerk<br>&gt; <br>&gt; On Tue, Nov 17, 2009 at 5:53 PM, Nilu Chakrabarti<br>&gt; &lt;nilu.chakrabarti@gmail.com&gt; wrote:<br>&gt; &gt; I am used to do PC analysis with g_covar followed by g_anaeig.<br>&gt; &gt; But recently, I am getting segmentation fault with g_anaeig.<br>&gt; &gt; The g_covar gives eigenval.xvg, eigenvec.trr and average.pdb.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; In the next step I use those 3 files to generate -<br>&gt; &gt; (1) a projection of each individual vectors on the traj using -proj OR<br>&gt; &gt; (2) a set of pdbs for each vector using -extr -nframes options.<br>&gt; &gt; In each case I am receiving segmentation fault without any other message<br>&gt; &gt; anywhere in a file. So i have no way of figuring out where the problem is.<br>&gt; &gt; I am seeing this problem with gmx v 3.3.3&nbsp; as well as with v 4.0.5.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I will appreciate any help and suggestions. Thanks a bunch.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; Nilu<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>&gt; <br>&gt; Computational Chemist<br>&gt; Medicinal Chemist<br>&gt; Neuropharmacologist<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Find the right PC for you.</a></body>
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