<br><div><br></div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; white-space: pre-wrap; -webkit-border-horizontal-spacing: 1px; -webkit-border-vertical-spacing: 1px; ">HI
MSD = mean square displacement
diffusion coefficient = d/dt (MSD)


I simulate the protein and ligand system and then calculate the MSD of the ligand.
Then, i drew the plot of the time evolution of the MSD.
But the the MSD decreases as time for some period.

I see nothing about my codings.
Would you please tell me about any possible errors i made?
Thank you
Lin</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap; -webkit-border-horizontal-spacing: 1px; -webkit-border-vertical-spacing: 1px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap; -webkit-border-horizontal-spacing: 1px; -webkit-border-vertical-spacing: 1px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap; -webkit-border-horizontal-spacing: 1px; -webkit-border-vertical-spacing: 1px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap; -webkit-border-horizontal-spacing: 1px; -webkit-border-vertical-spacing: 1px;"><br>
</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap; -webkit-border-horizontal-spacing: 1px; -webkit-border-vertical-spacing: 1px;"><br>
</span></font></div>