<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 18, 2009 at 9:29 PM, sukesh chandra gain <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sukesh@atc.tcs.com">sukesh@atc.tcs.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear All,<br>
I started a protein simulation for 100ps with octahedron box. After completion of that run I visualized the protein at the centre of the octahedron box by using trjconv.<br>
Then I have extended the simulation for another 500 ps by using tpbconv. But now it is showing as cubic box when I see the result after using trajconv (additionally some part of the protein is out of the box).</blockquote>
<div><br>This could only be a visualization glitch.<br>Try using trjconv options.<br><br>amit<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 I do not have any clue how the box type has been changed or where could I go wrong.<br>
Please comment.<br>
Thank you,<br>
Cheers,<br>
Sukesh<br>
<br>
-- <br>
Sukesh Chandra Gain<br>
TCS Innovation Labs<br>
Tata Consultancy Services Ltd.<br>
&#39;Deccan Park&#39;, Madhapur<br>
Hyderabad 500081<br>
Phone:  +91 40 6667 3572<br><font color="#888888">
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>