<div dir="ltr">Is the decrease occurs in the long times? Omer.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 17, 2009 at 21:08, Chih-Ying Lin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chihying2008@gmail.com">chihying2008@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br><div><br></div><div><br></div><div><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12px; white-space: pre-wrap;">HI
MSD = mean square displacement
diffusion coefficient = d/dt (MSD)


I simulate the protein and ligand system and then calculate the MSD of the ligand.
Then, i drew the plot of the time evolution of the MSD.
But the the MSD decreases as time for some period.

I see nothing about my codings.
Would you please tell me about any possible errors i made?
Thank you
Lin</span></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap;"><br>
</span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap;"><br>
</span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap;"><br>
</span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap;"><br>
</span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="3"><span style="font-size: 12px; white-space: pre-wrap;"><br>
</span></font></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div>