
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:10pt"><span style="font-family: times new roman,new york,times,serif;">On </span><font style="font-family: times new roman,new york,times,serif;" face="Tahoma" size="2">Sat, November 21, 2009 at 2:36:08 AM, </font><font style="font-family: times new roman,new york,times,serif;" face="Tahoma" size="2">leila karami &lt;karami.leila1@gmail.com&gt; wrote:<br></font><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif;">&nbsp;<p>&gt; I used amber03 force field in gromacs to study pr-dna interaction.<br>&gt; I compare my pdb file and ffamber03.rtp file.<br>&gt; I should correct my pdb file to tally with rtp file. N-terminal (NUMBER 1) and C-terminal</p><p>&gt;  (NUMBER 70) of my protein is GLY.<br>&gt; 

pdb file and rtp file relating to gly1 and gly70 are placed in follow.</p>

<p>&gt; pdb file of gly1:</p>

<p>&gt; 1&nbsp; N&nbsp; NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 2&nbsp; CA NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 3&nbsp; C&nbsp; NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 4&nbsp; O&nbsp; NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 5 1H&nbsp; NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 6 2HA NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 7 2H&nbsp; NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 8 3H&nbsp; NGLY&nbsp; 1<br>&gt; 9 1HA NGLY&nbsp; 1</p>

<p>&gt; rtp file of gly1:</p>

<p>&gt; [ NGLY ]<br>&gt;&nbsp; [ atoms ]<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_39&nbsp;&nbsp; 0.29430&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp; 0.16420&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp; 0.16420&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_17&nbsp;&nbsp; 0.16420&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_11&nbsp; -0.01000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>&gt; 

&nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_28&nbsp;&nbsp; 0.08950&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>&gt; &nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_28&nbsp;&nbsp; 0.08950&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.61630&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; amber99_41&nbsp; -0.57220&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9</p><br>I could be wrong, but I believe that the atom names in the pdb file are supposed to match<br>the names in rtp entry.&nbsp; There may be some formatting issues as well in your actual pdb file<br>since the error message references a residue GLY1 instead of residue NGLY1, but in the<br>absence of the actual pdb entry line, I cannot comment on that.<br><br><br>Sincerely<br><br><br></div>-- <br>Bruce D. Ray, Ph.D.<br>Associate Scientist<br>IUPUI<br>Physics Dept.<br>402 N. Blackford St.<br>Indianapolis, IN  46202-3273<div><br></div>

<!-- cg1.c1.mail.mud.yahoo.com compressed/chunked Sat Nov 21 09:22:39 PST 2009 -->

</div><br>


      </body></html>