Hi Mark,<br>    I changed the capitalized words (CUTNB, CTOFNB, CTONNB, EPS, E14FAC, WMIN) to lower case in the file par_all36_carb.prm and now when I executed the command ./<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl/" target="_blank">convert_charmm_to_gromacs.pl</a> par_all36_carb.prm then I got no error msg. When I created a topology file, I found that the 5th column corresponding to dihedraltype is 9. But I guess it should be either 1 or 3.<br>
I also found that the columns in ffcharmm*.itp are not aligned. Could this be the reason?<br>Thanks<br>Chanchal<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 22, 2009 at 10:12 AM, Chanchal <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chanchal.kar@gmail.com">chanchal.kar@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Mark,<br>   I need  36 because I am working with carbohydrate (mannose).  Here is the link for 36:<br>
<a href="http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html" target="_blank">http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html</a><br>
Plese look at this file: <a href="http://mackerell.umaryland.edu/download.php?filename=CHARMM_ff_params_files/toppar_carbo_jul_2009.tgz" title="CHARMM_ff_params_files/toppar_carbo_jul_2009.tgz" target="_blank">toppar_carbo_jul_2009.tgz</a><span style="line-height: 14px;"><br>

</span><br>It would be very helpful to me if you can fix the scripts accordingly.<br>Thanks<br><font color="#888888">Chanchal</font><div><div></div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 20, 2009 at 8:20 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Chanchal wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi All,<br>
    I want to create ffcharmm*.itp file from par_all36_carb.prm using the script provided by Mark Abraham. While I used execute the command ./<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl" target="_blank">convert_charmm_to_gromacs.pl</a> &lt;<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl" target="_blank">http://convert_charmm_to_gromacs.pl</a>&gt; par_all36_carb.prm , I got this message:<br>


Argument &quot;CTOFNB&quot; isn&#39;t numeric in multiplication (*) at ./<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl" target="_blank">convert_charmm_to_gromacs.pl</a> &lt;<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl" target="_blank">http://convert_charmm_to_gromacs.pl</a>&gt; line 270, &lt;GEN0&gt; line 1382.<br>


Argument &quot;EPS&quot; isn&#39;t numeric in multiplication (*) at ./<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl" target="_blank">convert_charmm_to_gromacs.pl</a> &lt;<a href="http://convert_charmm_to_gromacs.pl" target="_blank">http://convert_charmm_to_gromacs.pl</a>&gt; line 279, &lt;GEN0&gt; line 1382.<br>


</blockquote>
<br>
As Justin said, you&#39;re giving inputs for which the script wasn&#39;t developed, and the format could easily have changed. If you can tell me why 36 is necessary and 27 insufficient for your needs, and a link to your source for 36, then I&#39;ll look at why the 36 file doesn&#39;t work.<br>

<font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>