<div>Hi, everyone,</div>
<div> </div>
<div>I was using Gromacs-4.0.3 to run my MD calculations parallell on our High performance clusters for a large system which was crashed because I run out the time limits. So I tried to resume my calculations by the script as follows:</div>

<div> </div>
<div>mdrun -multi 16 -s md.tpr -f md.trr -e md.edr -o md.trr -g md.log -c md.gro  -cpi state.cpt -append</div>
<div> </div>
<div>This worked well and give me the new .trr .edr .log files. </div>
<div> </div>
<div>But after I finished the resumed MD calculations, I tried to use g_rms or gmxcheck to analyze my trajectory .trr file and got the error.</div>
<div>gmxcheck -f md.trr</div>
<div> </div>
<div>The error is as follows:</div>
<div> </div>
<div>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Reading frame       0 time    0.000<br># Atoms  426618<br>Reading frame     400 time  400.000<br>-------------------------------------------------------<br>Program gmxcheck, VERSION 4.0.3<br>
Source code file: trnio.c, line: 66</div>
<div>File input/output error:<br>Can not determine precision of trn file<br>-------------------------------------------------------</div>
<div> </div>
<div>I just wonder how can I solve this problem. I check the previous log file and found the previous crashed calculation</div>
<div> </div>
<div>&quot;Received the TERM signal, stopping at the next step</div>
<div>241400      482.80002        0.00000</div>
<div>   Energies (kJ/mol)<br>       G96Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14     Coulomb-14<br>    3.05829e+04    1.41875e+04    9.45860e+03    5.60788e+03    2.27543e+05<br>        LJ (SR)        LJ (LR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential<br>
    1.14629e+06   -1.99329e+04   -7.15141e+06   -8.30847e+05   -6.56851e+06<br>    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pressure (bar)  Cons. rmsd ()<br>    1.06339e+06   -5.50513e+06    2.99863e+02    1.54702e+01    2.08607e-05</div>

<div> </div>
<div>Received the TERM signal, stopping at the next step</div>
<div>241500      483.00003        0.00000&quot;</div>
<div> </div>
<div>I checked the new log file and found the resumed calculations started from 241500. So what&#39;s wrong with the resumed calculations? </div>
<div> </div>
<div>I have read many discussions about the broken trr files. Most of people suggest to restart the calculations. But I am afraid of that I will get the same thing out if I use the same checkpoint file. I am looking forward to hearing from you.</div>

<div> </div>
<div>Sincerely,</div>
<div> </div>
<div>Yi Peng</div>
<div> </div>
<div><br> </div>
<div> </div>