<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Thu, 26 Nov 2009 19:43:00 +0000<br>&gt; From: darrellk@ece.ubc.ca<br>&gt; Subject: [gmx-users] Unexpected behavior of g_msd<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Hi Berk,<br>&gt; I am thinking that you mean that MSD is a function of the time<br>&gt; differences and the number of time differences. In other words, if the<br>&gt; simulation is too short, then GROMACS would not have enough time<br>&gt; differences to accurately calculate a diffusion constant since the slope<br>&gt; of the msd versus time within these time intervals would vary too much.<br>&gt; Thus, I thought that, in order to get an accurate measurement of<br>&gt; diffusion, it was necessary to run the simulation for a long enough<br>&gt; period of time to get into a region where there is a linear relationship<br>&gt; between msd &amp; time so that the regression fit is improved. Is this<br>&gt; correct?<br><br>That's correct.<br><br>&gt; <br>&gt; In the paper "The Working Man’s Guide to Obtaining Self Diffusion<br>&gt; Coefficients from Molecular Dynamics Simulations", they indicate that a<br>&gt; simulation time of approximately 2 ns is appropriate for gas phase<br>&gt; simulations and that the section of time interval used for calculating<br>&gt; the diffusion constant be the linear region near towards the end of the<br>&gt; simulation.<br><br>This will depend VERY much on the type of system and the state point.<br><br>Berk<br><br>&gt; <br>&gt; Thanks.<br>&gt; <br>&gt; Darrell<br>&gt; <br>&gt; &gt;Date: Thu, 26 Nov 2009 11:34:02 +0100<br>&gt; &gt;From: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>&gt; &gt;Subject: RE: [gmx-users] Unexpected behavior of g_msd<br>&gt; &gt;To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;Message-ID: &lt;COL113-W20188A074F24AF04DD1C638E9B0@phx.gbl&gt;<br>&gt; &gt;Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;NO!<br>&gt; &gt;The MSD is NOT a function of the trajectory time!<br>&gt; &gt;The MSD is a function of time differences.<br>&gt; &gt;For example:<br>&gt; &gt;if trestart=10 and -b=60 then MSD(4) in the output is the average of the the MSD<br>&gt; &gt;between 64 and 68, 74 and 78, 84 and 88, etc.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Berk<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>