<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; color: rgb(34, 34, 34); ">Dear all,<br><br>I am doing MD simulation for a bacterial inner transmembrane protein.<br>I need to know which unit of lipid molecule i should take for building<br>the lipid bilayer.<br><br>I made a trial run with DPPC. I was referring KAPL tutorial for my<br>simulation. I made all the alteration in the topology file and in the itp file, as it is mentioned in the<br>tutorial but i wouldnt run after inflategro step ie during grompp i am<br>getting memory allocation error.</span><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><br></span></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; color: rgb(34, 34, 34); ">Hereby I am attaching the erro
 r msg i got from grompp<br><br></span></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><div>grompp -f ion.mdp -c system.pdb -p topol_protein.top -o ions.tpr</div><div><br></div><div><br></div><div>Program grompp, VERSION 3.3.3</div><div>Source code file: smalloc.c, line: 137</div><div><br></div><div>Fatal error:</div><div>realloc for nnb-&gt;a[i][nre] (103103576 bytes, file topexcl.c, line 101, nnb-&gt;a[i][nre]=0x0x33b3c3a0)</div><div>----------------------</div><div><br></div><div>"Can't You Make This Thing Go Faster ?" (Black Crowes)</div><div><br></div><div>: Cannot allocate memory</div><div>Program grompp, VERSION 4.0.5</div><div>Source code file: smalloc.c
 , line: 179</div><div><br></div><div>Fatal error:</div><div>Not enough memory. </div><div>Failed to realloc 244312864 bytes for nnb-&gt;a[i][nre], nnb-&gt;a[i][nre]=0x22deb4d8 (called from file topexcl.c, line 102)</div><div>-----------------------------</div><div>--------------------------</div><div><br></div><div>"It's Against the Rules" (Pulp Fiction)</div><div>: Cannot allocate memory</div><div><br></div></span></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; color: rgb(34, 34, 34); "><br>I think i didnt made any error in file preparation and alteration of<br>.itp and .top file. Because I tried it with  2 DPPC molecule it was<br>working fine. when i am trying with the whole set of 128 molecules of<br>DPPC i am facing this problem. Is this a problem something related to<br>Memory of system if so what is the requirement for making this run<br>possible.</span> </div><div><font class="Apple-st
 yle-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;">I got struck up in my work I am highly in need of ur help...</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;">Thanks in advance<
 /span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;">with regards,</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="arial, sans-serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-size: 13px;">N.Hema Dhevi</span></font></div>