<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Dear all  ,<br><blockquote>I am doing MD simulation for a bacterial inner transmembrane protein. I need to know which unit of lipid molecule i should take for buildingthe lipid bilayer. </blockquote><blockquote>I made a trial run with DPPC. I was referring KAPL tutorial for mysimulation. I made all the alteration in the topology file and in the itp file, as it is mentioned in the tutorial but i wouldnt run after inflategro step during grompp i  am getting memory allocation error. I tried it with two versions of gromacs 3.3.3 and 4.0.5 versions I am getting the same error. </blockquote><blockquote>and I tried it running in hp workstation and also in server.</blockquote><blockquote>inflategro output pdb= system.pdb</blockquote><blockquote>Hereby I am attaching the error msg i got from grompp</blockquote><blockquote>grompp  -f ion.mdp -c system.pdb -p topolprotein.top -o ions.tpr</blockquote><blockquote>Program gr
 ompp,</blockquote><blockquote> VERSION 3.3.3</blockquote><blockquote>Source code file: smalloc.c, line: 137</blockquote><blockquote>Fatal error:realloc for nnb&gt;a[i][nre] (103103576 bytes, file topexcl.c, line 101, nnb&gt;a[i][nre]=0x0x33b3c3a0)</blockquote><blockquote>"Can't You Make This Thing Go Faster ?" (Black Crowes): </blockquote><blockquote>Cannot allocate memory</blockquote><blockquote>Program grompp, VERSION 4.0.5</blockquote><blockquote>Source code file: smalloc.c, line: 179</blockquote><blockquote>Fatal error:Not enough memory. </blockquote><blockquote>Failed to realloc 244312864 bytes for nnb&gt;a[i][nre], nnb&gt;a[i][nre]=0x22deb4d8 (called from file topexcl.c, line 102)"</blockquote><blockquote>It's Against the Rules" (Pulp Fiction): </blockquote><blockquote>Cannot allocate memory</blockquote><blockquote>I think i didnt made any error in file preparation and alteration of.itp and .top file. </blockquote><blockquote>Because I tried it with2 DPPC molecule it w
 as working fine. when i am trying with the whole set of 128 molecules of DPPC i am facing this problem. </blockquote><blockquote>Is this a problem something related toMemory of system if so what is the requirement  for making this run possible. </blockquote><blockquote>I got struck up in my work I am highly in need of ur help...</blockquote><blockquote>Thanks in advance</blockquote><blockquote>with regards,</blockquote><blockquote>N.Hema Dhevi</blockquote><blockquote><br></blockquote>