<br><br><blockquote>hai justin,<br><br>ya i am working on actual KALP tutorial only<br><br>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html<br><br>and i am using the pdb file which is given in the website. This is the first time i am doing MD simulation <br>for transmembrane proteins before using the protein of my interest i tried it with the peptide given the tutorial.<br><br>hereby i am attaching the .mdp file which i am using <br><br><pre>; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr<br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator        = steep                 Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol                = 1000.0           Stop minimization when the maximum force &lt; 1000.0 kJ/mol/nm<br>emstep          = 0.01          ; Energy step size<br>nsteps                = 50000                   Maximum number of (minimization) steps to perform<br><br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and ho
 w to calculate the interactions<br>nstlist                = 1                 Frequency to update the neighbor list and long range forces<br>ns_type                = grid                 Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>rlist                = 1.2                 Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>coulombtype        = PME                 Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb        = 1.2                 Short-range electrostatic cut-off<br>rvdw                = 1.2                 Short-range Van der Waals cut-off<br>pbc                = xyz                  Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br></pre><br>thank you<br><br>with regards,<br>N.Hema Dhevi<br><br><br><br><br>---------- Original message ----------<br>From:gmx-users-request@gromacs.org&lt; gmx-users-request@gromacs.org &gt;<br>Date: 30 Nov 09 19:38:18<br>Subject:  gmx-users Digest, Vol 67, Issue 150<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        gmx-users@gromacs.org<br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        gmx-users-request@gromacs.org<br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        gmx-users-owner@gromacs.org<br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of gmx-users digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Re: How to make carbon nanotube infinite? (Justin A. Lemkul)<br>
   2. trjconv -pbc cluster with rhombic dodecahedron box<br>
      (chris.neale@utoronto.ca)<br>
   3. Re: gmx-users Digest, memory allocation error (Justin A. Lemkul)<br>
   4. amber force field in Gromacs (servaas)<br>
   5. Survey: 3 minutes of your time (Pieter van 't Hof)<br>
   6. Survey: 3 minutes of your time (Pieter van 't Hof)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 30 Nov 2009 08:05:45 -0500<br>
From: "Justin A. Lemkul" <jalemkul@vt.edu><br>
Subject: Re: [gmx-users] Re: How to make carbon nanotube infinite?<br>
To: Discussion list for GROMACS users <gmx-users@gromacs.org><br>
Message-ID: &lt;4B13C329.1090301@vt.edu&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Cun Zhang wrote:<br>
&gt; hi, Justin.  Thank you for your meticulous and patient explanation !<br>
&gt; <br>
&gt; Before I see this post, I misunderstood the meaning of sharing bonds.<br>
&gt; I thought note only the bonds,but also the angles and the dihedrals<br>
&gt; should be added to top file.<br>
<br>
I see now that I should have been more careful in my explanation.  It is better <br>
stated that *bonded parameters* should extend across periodic boundaries, not <br>
just bonds.  But the same principle applies.<br>
<br>
&gt; <br>
&gt; It was so complicated to deal manually that I wrote that script.<br>
&gt; <br>
<br>
That's sensible, but I didn't understand what your scripting was doing with <br>
renumbering and all that.  Just add the appropriate parameters to the .top, <br>
given the numbering in the coordinate file.<br>
<br>
&gt; I will read the doucment you mentioned carefully .<br>
<br>
The CNT how-to was painstakingly assembled by Chris Stiles a few years ago after <br>
many conversations like this one.  He has done a nice service by assembling the <br>
tutorial.  I believe it applies to version 3.3.3, but many of the principles are <br>
the same.  Remember, as I suggested before, that x2top from the 3.3.3 <br>
distribution works with the -pbc option, which does all of the complicated work <br>
for you.  Not a bad option for your initial topology generation.<br>
<br>
&gt;  And I will fix these notes and warnings as grompp and mdrun suggest.<br>
&gt; <br>
<br>
Good idea :)<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 30 Nov 2009 08:18:42 -0500<br>
From: chris.neale@utoronto.ca<br>
Subject: [gmx-users] trjconv -pbc cluster with rhombic dodecahedron<br>
        box<br>
To: gmx-users@gromacs.org<br>
Message-ID: &lt;20091130081842.9t05l0tg2ogwoc80@webmail.utoronto.ca&gt;<br>
Content-Type: text/plain;        charset=ISO-8859-1;        DelSp="Yes";<br>
        format="flowed"<br>
<br>
Hi Daniel, what Tsjerk has suggested is really the only way to go  <br>
here. If your cluster is not whole in the first frame, you can do it  <br>
this way:<br>
<br>
1. use trjconv -pbc cluster to make your cluster whole in a frame near  <br>
the start of your trajectory. If the first frame enters the infinite  <br>
loop, then try the second frame, etc.<br>
<br>
2. Make a new .tpr based on this clustered .gro<br>
<br>
3. run trjconv -pbc nojump<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
--- original message ---<br>
<br>
Hi Daniel,<br>
<br>
This doesn't exactly answer your question, but if your vesicle is<br>
whole at the start, can't you better keep it that way using -pbc<br>
nojump? If necessary, you can also recenter afterwards.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
On Mon, Nov 30, 2009 at 12:24 PM, Daniel Parton<br>
<daniel.parton@bioch.ox.ac.uk> wrote:<br>
<br>
[Hide Quoted Text]<br>
Hi,<br>
<br>
I am running a coarse-grained simulation of a lipid vesicle (~70,000<br>
particles), using a rhombic dodecahedron box to limit the amount of solvent<br>
I require.  The vesicle (unsurprisingly) moves over the periodic boundaries<br>
during the simulation.  Various analyses I am conducting require the vesicle<br>
to be whole, so I have been trying to use trjconv with the -pbc cluster<br>
option, selecting the lipids as the group to be clustered.  I am only<br>
interested in the lipid behaviour, so I am using a trajectory with only the<br>
lipids included.  However, at certain frames, the program seems to enter an<br>
infinite loop, producing many lines of the following sort of information:<br>
<br>
...<br>
COM:   12.445     5.934    15.354  iter = 2359<br>
COM:   12.675     6.135     3.094  iter = 2360<br>
COM:   12.455     5.934    15.368  iter = 2361<br>
COM:   12.686     6.131     3.116  iter = 2362<br>
COM:   12.454     5.945    15.396  iter = 2363<br>
COM:   12.720     6.168     3.176  iter = 2364<br>
COM:   12.461     5.947    15.435  iter = 2365<br>
COM:   12.731     6.174     3.221  iter = 2366<br>
COM:   12.468     5.945    15.475  iter = 2367<br>
COM:   12.723     6.172     3.247  iter = 2368<br>
...<br>
<br>
This is using gromacs version 3.2.1, as with any later version I have tried<br>
(3.3.3, 4.0.4, 4.0.5), trjconv -pbc clust  won't work at all, even with<br>
cubic simulation boxes.  I have successfully used version 3.2.1 many times<br>
for this purpose when dealing with cubic simulation boxes.<br>
<br>
I have tried many different ways to get this to work, such as converting to<br>
the compact representation before clustering.  Also, the frame where the<br>
program is the first one where a lipid has moved over a periodic boundary,<br>
when the system is viewed as the compact representation.  The same behaviour<br>
occurs when that frame is dumped out as a .gro file and the program is run<br>
on that file only.<br>
<br>
Does anyone have any idea how to get this to work?  Any help would be much<br>
appreciated!  Please let me know if you need more information about my<br>
simulation set-up.<br>
<br>
Daniel Parton<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 30 Nov 2009 08:38:21 -0500<br>
From: "Justin A. Lemkul" <jalemkul@vt.edu><br>
Subject: Re: [gmx-users] gmx-users Digest, memory allocation error<br>
To: "Gromacs Users' List" <gmx-users@gromacs.org><br>
Message-ID: &lt;4B13CACD.2020908@vt.edu&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
hema dhevi wrote:<br>
&gt; <br>
&gt; hi justin,<br>
&gt; <br>
&gt; thanks for your reply<br>
&gt; <br>
&gt; Totally I have 6126 atoms (residues + DPPC ) I am using the same pdb file<br>
&gt; and lipid pdb (DPPC-128) which is given in the KAPL tutorial.<br>
&gt; <br>
<br>
OK, just to clarify - are you working on the actual KALP tutorial when this <br>
error comes up, or are you working on your own system?  I am not 100% clear from <br>
what you've described.  Your previous message said you had some bacterial <br>
protein, and now you're talking about the KALP system.<br>
<br>
Can you post the .mdp file you're using?<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; E ven tried it without adding any solvents to it, I am getting the same <br>
&gt; error (memory allocation).<br>
&gt; <br>
&gt; My system has 15.6 GB free space its a HP workstation with 2GB RAM.<br>
&gt; <br>
&gt; looking for ur reply at the earliest.<br>
&gt; <br>
&gt; Thanks in advance<br>
&gt; <br>
&gt; with regards,<br>
&gt; N.Hema Dhevi<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt;     ---------- Original message ----------<br>
&gt;     From:Justin A. Lemkul&lt; jalemkul@vt.edu &gt;<br>
&gt;     Date: 29 Nov 09 02:49:42<br>
&gt;     Subject: Re: [gmx-users] gmx-users Digest, memory allocation error<br>
&gt;     To: hema dhevi , Discussion list for GROMACS users<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt;     hema dhevi wrote:<br>
&gt;      &gt; Dear all,<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; I am doing MD simulation for a bacterial inner transmembrane protein.<br>
&gt;      &gt; I need to know which unit of lipid molecule i should take for<br>
&gt;     building<br>
&gt;      &gt; the lipid bilayer.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; I made a trial run with DPPC. I was referring KAPL tutorial for my<br>
&gt;      &gt; simulation. I made all the alteration in the topology file and in<br>
&gt;     the<br>
&gt;      &gt; itp file, as it is mentioned in the<br>
&gt;      &gt; tutorial but i wouldnt run after inflategro step ie during grompp<br>
&gt;     i am<br>
&gt;      &gt; getting memory allocation error.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Hereby I am attaching the erro r msg i got from grompp<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; grompp -f ion.mdp -c system.pdb -p topol_protein.top -o ions.tpr<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Program grompp, VERSION 3.3.3<br>
&gt;      &gt; Source code file: smalloc.c, line: 137<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Fatal error:<br>
&gt;      &gt; realloc for nnb-&gt;a[i][nre] (103103576 bytes, file topexcl.c, line<br>
&gt;     101,<br>
&gt;      &gt; nnb-&gt;a[i][nre]=0x0x33b3c3a0)<br>
&gt;      &gt; ----------------------<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; "Can't You Make This Thing Go Faster ?" (Black Crowes)<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; : Cannot allocate memory<br>
&gt;      &gt; Program grompp, VERSION 4.0.5<br>
&gt;      &gt; Source code file: smalloc.c , line: 179<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Fatal error:<br>
&gt;      &gt; Not enough memory.<br>
&gt;      &gt; Failed to realloc 244312864 bytes for nnb-&gt;a[i][nre],<br>
&gt;      &gt; nnb-&gt;a[i][nre]=0x22deb4d8 (called from file topexcl.c, line 102)<br>
&gt;      &gt; -----------------------------<br>
&gt;      &gt; --------------------------<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; "It's Against the Rules" (Pulp Fiction)<br>
&gt;      &gt; : Cannot allocate memory<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; I think i didnt made any error in file preparation and alteration of<br>
&gt;      &gt; .itp and .top file. Because I tried it with 2 DPPC molecule it was<br>
&gt;      &gt; working fine. when i am trying with the whole set of 128 molecules of<br>
&gt;      &gt; DPPC i am facing this problem. Is this a problem something related to<br>
&gt;      &gt; Memory of system if so what is the requirement for making this run<br>
&gt;      &gt; possible.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt; <br>
&gt;     How many atoms are in your system? How much memory do you have<br>
&gt;     available on the<br>
&gt;     machine you're using? The general solutions can be found here:<br>
&gt; <br>
&gt;     http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Cannot_allocate_memory<br>
&gt; <br>
&gt;     -Justin<br>
&gt; <br>
&gt;      &gt; I got struck up in my work I am highly in need of ur help...<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Thanks in advance&lt; /span&gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; with regards,<br>
&gt;      &gt; N.Hema Dhevi<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt; <br>
&gt;     -- <br>
&gt;     ========================================<br>
&gt; <br>
&gt;     Justin A. Lemkul<br>
&gt;     Ph.D. Candidate<br>
&gt;     ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt;     Department of Biochemistry<br>
&gt;     Virginia Tech<br>
&gt;     Blacksburg, VA<br>
&gt;     jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>
&gt;     http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>
&gt; <br>
&gt;     ========================================<br>
&gt; <br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Mon, 30 Nov 2009 14:29:56 +0100<br>
From: servaas <servaas.michielssens@student.kuleuven.be><br>
Subject: [gmx-users] amber force field in Gromacs<br>
To: "gmx-users@gromacs.org" <gmx-users@gromacs.org><br>
Message-ID: &lt;1259587796.12957.18.camel@boltzmann&gt;<br>
Content-Type: text/plain<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I tried using the amber force field in GROMACS. I proceeded as follows:<br>
Determined my parameters with RED/ANTECHAMBER/tleap converted them with amb2gmx.pl <br>
(or with acpypi, problem is the same) to gromacs coordinate and topology files. It concerns a modified nucleotide. I minimized with steepest descent, everything was fine. <br>
When I tried running a simulation in single precision with this .mdp file (only nucleotide without solvent):<br>
<br>
integrator       = md<br>
<br>
dt               = 0.002<br>
nsteps           = 250000<br>
nstcomm  = 1<br>
<br>
;output<br>
nstxout   = 1<br>
nstvout   = 1<br>
nstfout   = 0<br>
nstlog    = 500<br>
nstenergy = 1<br>
<br>
nstlist          = 10<br>
ns_type          = grid<br>
rlist            = 1.2<br>
coulombtype      = PME<br>
rcoulomb         = 1.2<br>
vdwtype          = cut-off<br>
rvdw             = 1.2<br>
<br>
fourierspacing   = 0.12<br>
pme_order        = 4<br>
ewald_rtol       = 1e-5<br>
<br>
;constraints<br>
constraints      = all-bonds<br>
<br>
<br>
;  temperature coupling is on<br>
Tcoupl              = v-rescale<br>
tau_t               = 0.1<br>
tc-grps             = system<br>
ref_t               = 300<br>
<br>
pcoupl              = no<br>
<br>
I get LINCS errors and eventually a crash. Now I tried running the same simulation with the same force field parameters in amber and everything was fine. <br>
I also ran the calculation in GROMACS with double precision here again everything was fine... I also tried running a small nucleic acid fragment (so no modified parameters here) <br>
that I created in  tleap and converted to GROMACS again this crashes with lincs errors in GROMACS. When I look at the trajectories it is the O4' of the ribose who clashes with the O3'. <br>
<br>
The fact that I still get this problem with non modified amber parameters makes me thing there is something wrong with my .mdp file to run with amber FF, any suggestions?<br>
 Strange also that double precision seems to work just fine....<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Mon, 30 Nov 2009 14:49:12 +0100<br>
From: Pieter van 't Hof <pieter.van.t.hof@logica.com><br>
Subject: [gmx-users] Survey: 3 minutes of your time<br>
To: gmx-users@gromacs.org<br>
Message-ID: &lt;1259588952.16011.27.camel@docktop&gt;<br>
Content-Type: text/plain<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
My name is Pieter van 't Hof. As part of my Master thesis in computer<br>
science I am currently extending Gromacs and VMD to visualize short<br>
range Lennard Jones potentials and Coulomb forces during interactive<br>
molecular dynamics simulations. In order to choose a representation<br>
method which is suitable for the most people, I designed a little survey<br>
with 7 multiple choice questions. <br>
<br>
If some of you (preferably people who use Gromacs mainly for<br>
protein-ligand interactions) would fill-in this survey, it is greatly<br>
appreciated.<br>
<br>
Thank you very much in advance.<br>
<br>
<br>
Sincerely,<br>
<br>
Pieter van 't Hof<br>
Utrecht University, The Netherlands<br>
<br>
<br>
Please help Logica to respect the environment by not printing this email  / Pour contribuer comme Logica au respect de l'environnement, merci de ne pas imprimer ce mail /  Bitte drucken Sie diese Nachricht nicht aus und helfen Sie so Logica dabei, die Umwelt zu schützen. /  Por favor ajude a Logica a respeitar o ambiente nao imprimindo este correio electronico.<br>
<br>
<br>
<br>
This e-mail and any attachment is for authorised use by the intended recipient(s) only. It may contain proprietary material, confidential information and/or be subject to legal privilege. It should not be copied, disclosed to, retained or used by, any other party. If you are not an intended recipient then please promptly delete this e-mail and any attachment and all copies and inform the sender. Thank you.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Mon, 30 Nov 2009 14:52:21 +0100<br>
From: Pieter van 't Hof <pieter.van.t.hof@logica.com><br>
Subject: [gmx-users] Survey: 3 minutes of your time<br>
To: gmx-users@gromacs.org<br>
Message-ID: &lt;1259589141.16011.29.camel@docktop&gt;<br>
Content-Type: text/plain<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
My name is Pieter van 't Hof. As part of my Master thesis in computer<br>
science I am currently extending Gromacs and VMD to visualize short<br>
range Lennard Jones potentials and Coulomb forces during interactive<br>
molecular dynamics simulations. In order to choose a representation<br>
method which is suitable for the most people, I designed a little survey<br>
with 7 multiple choice questions. <br>
<br>
If some of you (preferably people who use Gromacs mainly for<br>
protein-ligand interactions) would fill-in this survey, it is greatly<br>
appreciated.<br>
<br>
The survey is located at http://www.thesistools.com/?qid=95789<br>
<br>
Thank you very much in advance.<br>
<br>
<br>
Sincerely,<br>
<br>
Pieter van 't Hof<br>
Utrecht University, The Netherlands<br>
<br>
<br>
Please help Logica to respect the environment by not printing this email  / Pour contribuer comme Logica au respect de l'environnement, merci de ne pas imprimer ce mail /  Bitte drucken Sie diese Nachricht nicht aus und helfen Sie so Logica dabei, die Umwelt zu schützen. /  Por favor ajude a Logica a respeitar o ambiente nao imprimindo este correio electronico.<br>
<br>
<br>
<br>
This e-mail and any attachment is for authorised use by the intended recipient(s) only. It may contain proprietary material, confidential information and/or be subject to legal privilege. It should not be copied, disclosed to, retained or used by, any other party. If you are not an intended recipient then please promptly delete this e-mail and any attachment and all copies and inform the sender. Thank you.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list<br>
gmx-users@gromacs.org<br>
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 67, Issue 150<br>
******************************************</pieter.van.t.hof@logica.com></pieter.van.t.hof@logica.com></gmx-users@gromacs.org></servaas.michielssens@student.kuleuven.be></gmx-users@gromacs.org></jalemkul@vt.edu></daniel.parton@bioch.ox.ac.uk></gmx-users@gromacs.org></jalemkul@vt.edu></blockquote>