<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Hi </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am trying to calcualte the potential of mean force between two polyatomic particles using umbrella potential and the g_wham command.&nbsp;I need to run multiple windows from close to far inter-particle distance. To save time,&nbsp;I used smaller box sizes for&nbsp;those windows with&nbsp;shorter inter-particle distance, and larger box sizes for those windows with&nbsp;longer inter-particle distance.&nbsp;Then I have multiple pullf files and tpr files with different box sizes. </DIV>
<DIV>I am wondering if&nbsp;using different simulation systems is&nbsp;acceptable&nbsp;when applying g_wham command&nbsp;for&nbsp;PMF calculation.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks in advance,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Cheers,</DIV>
<DIV>Li Jianguo</DIV>
<DIV>Research fellow</DIV>
<DIV>Singapore-MIT Alliance</DIV>
<DIV>National University of Singapore</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>