has anyone successfully incorporated dihedral angle restraints in gromacs 4.0.5 protein simulation.&nbsp;&nbsp; i can only find instructions for gromacs 3.3.1, nothing in the manual.&nbsp; <br><br>i don't know if the format is the same or whether it requires diffent .mdp flags, but so far i have not been able to successfully run a simulation.&nbsp; any help would be greatly appreciated.<br><br><br><br><br><br>