While running MD simulation I have number of queries mentioned below:
<div> </div>
<div>1. When executing xmgrace command it returns the bash command not found, then how to install GRACE package on windows?</div>
<div>2. When defining the box dimention then how do I know about the
distance of protein (207 residues) from the box wall should be greater
than half of the Cut-Off (1.4nm)?</div>
<div>3. In fullmd_sol.mdp file how to find the time step value because I don&#39;t have confirmation about that.</div>
<div>4. When using grommp command to generate fullmd.tpr file, it will shows 3 notes </div>
<div>                            (a.) The Berendsen thermostat does not
generate the correct K.E distribution, and suggesting to use v- rescale
thermostat</div>
<div>                            (b.) Why the system has non-zero total charge : -2.000001e+00</div>
<div>                            (c.) [file fullmd_sol.mdp, line
unknow]: you are using a plain coulomb cut-off, which might produce
artifacts. You might want to consider using PME   electostatics.<br clear="all">5. How to save screen of cygwin (general question)</div>

<div> </div>
Please solve these problems if you can I am thankful to you.<br clear="all"><br>-- <br>Pawan<br>