<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">When defining the box dimention then how do I know about the distance </font><font face="Times New Roman" size="3">of protein from the box wall? Which should be greater than half </font><font face="Times New Roman" size="3">of the Cut-Off (1.4nm) (according to some tutorial).</font></p>
<br clear="all">
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font face="Times New Roman" size="3">Then what are longest cutoff which must be shorter than </font><font face="Times New Roman" size="3">half the shortest box vector to satisfy the minimum image convention. I am asking because I have run gromacs from default parameter of some other tutorial. I have used 0.75 value for</font><font face="Times New Roman" size="3"> -d when using editconf.</font></p>
<br>-- <br>Pawan<br>