<div>Hi</div>
<div> </div>
<div>I used command : [g_confrms -f1 initial.gro  -f2 final.gro -n1 1.ndx -n2 2.ndx -o fit.pdb]   to obtain superimposed structure of initial and final structures. I saw fit.pdb file by vmd but fit.pdb obtained was very mixed,busy and unclear. </div>

<div> </div>
<div>is my manner true? is there other method for this purpose?</div>
<div> </div>
<div>Any help will highly appreciated!</div>
<div> </div>
<div> </div>