Hi Justin,<br><br>  I chose my whole system of 2000 water molecules. I discussed this plot with someone and they said that rdf can be plotted for atoms as well as whole molecules and that the shape of my rdf plot was not a problem of my having used the whole system (I am not really sure about this).<br>
<br>  The length of my run was 8 ns (8000 ps). The energy values don&#39;t change much so I think the system is pretty equilibrated. I have included below the results of my last two run continuations of 2000 ps each (I had to extend the run to ensure equlibration):<br>
<br><span style="color: rgb(51, 51, 255);">For the extension from 4000 ps to 6000 ps, I have the results,</span><br><br>Statistics over 3000001 steps [ 0.0000 thru 6000.0005 ps ], 10 data sets<br>All averages are exact over 3000001 steps<br>
<br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Potential                  -79499.3    288.958     288.95 -0.00126651   -7.59903<br>
Kinetic En.                 14960.4     192.23    192.206 -0.00176262   -10.5757<br>Total Energy               -64538.9    357.576    357.538 -0.00302911   -18.1747<br>Temperature                 299.961    3.85427    3.85379 -3.5341e-05  -0.212046<br>
Pressure (bar)             0.925645    194.462    194.455 0.000953178    5.71907<br>Box-X                       3.94525 0.00514608 0.00514608          0          0<br>Box-Y                       3.94525 0.00514608 0.00514608          0          0<br>
Box-Z                       3.94525 0.00514608 0.00514608          0          0<br>Volume                      61.4083   0.240493   0.240493 -3.12077e-07 -0.00187246<br>Density (SI)                974.322     3.8068    3.80679 4.31424e-06  0.0258854<br>
Heat Capacity Cv:      12.4749 J/mol K (factor = 0.000165103)<br>Isothermal Compressibility: 2.2742e-05 /bar<br>Adiabatic bulk modulus:        43971.6  bar<br><br><span style="color: rgb(51, 51, 255);">For extension from 6000 ps to 8000 ps, the results are</span>:<br>
<br>Statistics over 4000001 steps [ 0.0000 thru 8000.0005 ps ], 10 data sets<br>All averages are exact over 4000001 steps<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>
Potential                  -79498.8    285.331    285.331 0.000110205   0.881641<br>Kinetic En.                 14960.5    191.868    191.854 -0.0010135   -8.10799<br>Total Energy               -64538.3    353.238    353.232 -0.000903288   -7.22631<br>
Temperature                 299.962    3.84702    3.84673 -2.0321e-05  -0.162568<br>Pressure (bar)             0.945534    194.613    194.613 0.000164281    1.31425<br>Box-X                       3.94528 0.00514348 0.00514348          0          0<br>
Box-Y                       3.94528 0.00514348 0.00514348          0          0<br>Box-Z                       3.94528 0.00514348 0.00514348          0          0<br>Volume                      61.4097   0.240325    0.24032 6.42593e-07 0.00514075<br>
Density (SI)                  974.3    3.80629    3.80622 -1.04747e-05 -0.0837974<br>Heat Capacity Cv:      12.4748 J/mol K (factor = 0.000164481)<br>Isothermal Compressibility: 2.27095e-05 /bar<br>Adiabatic bulk modulus:        44034.4  bar<br>
<br>Thanks,<br>Lum<br>