<div>Dear all,</div>
<div> </div>
<div>It is the first time that I use gromacs 4.04 to calculate PMF. I have some question needed to be clarified.</div>
<div> </div>
<div>1. </div>
<div>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>; pull code for PMF<br>pull                            = Unbrella        ;unbrella,constraint <br>pull_geometry             = Distance        ;distance ,direction,cylinder,position<br>
pull_dim                     = N N Y<br>pull_group0                 = DPPC<br>pull_group1                 = DEN<br>pull_nstxout                = 100<br>pull_nstfout                 = 100<br>pull_init1                     = 3.8</div>

<div>pull_k1                       = 1000 </div>
<div> </div>
<div>Is there any relationship between the steps for pull_nstxout and pull_nsfout. Must they be the same( e.g. 100, 100)? How to choose them?</div>
<div> </div>
<div>2. It seems that there are only two output file: pullx.xvg and pullf.xvg. Is it right?  are there other files for the input of g_wham?</div>
<div> </div>
<div>3. What other thing I must take care of for calculation of PMF</div>
<div> </div>
<div>Thanks in advance.<br clear="all"><br>-- <br>wende<br></div>