<div>Hi Justin,</div>
<div> </div>
<div>Sorry about the email. I just made a mistake while posting.</div>
<div> </div>
<div>First of all, Thanks for replying.</div>
<div> </div>
<div>I tried the suggestions you gave like I changed the pbc from full to xyz, removed -Dflex term and also changed the fourier grid spacing but still I am getting the same error. I am attaching the error message with this email. Have a look at it. If you need any more information let me know.</div>

<div> </div>
<div>Thanks for your help.</div>
<div> </div>
<div>Regards </div>
<div> </div>
<div>Shivkumar <br><br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Tue, Dec 8, 2009 at 5:53 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br>You haven&#39;t addressed any of the comments or questions I posted earlier:<br><br><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-December/047294.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-December/047294.html</a><br>
<br>When asking for free help, demonstrate that you&#39;re willing to take the advice you&#39;re given, and if that fails, state what problems remain.  Otherwise, it seems like you&#39;re ignoring viable suggestions.<br><br>
For the sake of being explicit: your .mdp file is wrong, and the dynamics are likely spurious.  Solve these issues (which I have described for you!) before moving to a more peripherally-related solution.  Also check the .log file; as I said before, Gromacs rarely exits without offering its own error messages about what&#39;s going wrong.  There is nothing in this output that immediately suggests your PME spacing is remotely at fault, but other parameters in your .mdp file are clearly wrong.<br>
<br>-Justin<br><br>shivkumar bale wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im">Hi Gromacs Users,<br><br>The error:<br><br>mpispawn.c:303 Unexpected exit status<br><br>Child exited abnormally!<br>Killing remote processes...DONE<br><br>Following is the link which might help:<br><br></div>
<a href="http://www.ece.unm.edu/~etanner/MPI.html" target="_blank">http://www.ece.unm.edu/~etanner/MPI.html</a> &lt;<a href="http://www.ece.unm.edu/~etanner/MPI.html" target="_blank">http://www.ece.unm.edu/%7Eetanner/MPI.html</a>&gt; 
<div class="im"><br><br><br>I think the above error is because of the PME calculations and changing the grid spacing might work. But I dont know how to change the grid spacing. Do you have any idea regarding that? Or if you think the error is due to some other reason let me know.<br>
<br>I am attaching the .mdp file with this email.<br><br>Thanks for the help.<br><br>Regards<br><br>Shivkumar<br><br></div></blockquote><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br><font color="#888888">-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></font></blockquote></div><br>