Read the manual.  You can explicitly declare all of your cross terms rather than using the same mixing rule for all terms.  You can easily write a script to modify your input files accordingly,<br><br>Andrew<br><br><div class="gmail_quote">
On Tue, Dec 15, 2009 at 4:06 PM, Reza Salari <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:resal81@yahoo.com">resal81@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
<div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">Hi All,<br><br>Recently there has been a new set of ion parameters published by Joung and Chetham and I am interested in running some test runs using these parameters. These set of parameters are based on using LB rule (arithmetic mean) for sigmas.<br>
<br>However I am using OPLS-AA ff so I am using the combination rule 3 (geometric mean of corresponding A and B values). My question is that can I use the exact sigma values from Cheatham for my simulations? I&#39;m almost positive that I have to change these sigma values to be consistent with the combination rule that I am using. In fact there is a paper by Horinek et al that has a nice table of different ionic sigma and epsilon values from different parameter sets (Aqvist, Jensen, Cheatham,..). The article is
 here:<br><span><a href="http://scitation.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&amp;id=JCPSA6000130000012124507000001&amp;idtype=cvips&amp;gifs=Yes" target="_blank">http://scitation.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&amp;id=JCPSA6000130000012124507000001&amp;idtype=cvips&amp;gifs=Yes</a></span><br>
<br>In that table, they have mentioned two sigmas; a usual sigma (which is used with rule 2) and a sigma prime (which can be used with rule 3). However it seems sort of unclear to me how they got these value since in some references that they&#39;ve mentioned I could find either sigma or sigma prime, not both. So I am guessing there must be some way to convert these two sigmas to each other.<br>
<br>So does anyone know if there is such way? Does GROMACS internally treats sigmas as &quot;sigma prime&quot; for OPLS-AA? I looked at the manual and also searched the mailing list to find an explanation but without luck. I really appreciate any help on
 clarifying this.<br><br>Regards,<br><font color="#888888">Reza Salari<br></font></div></div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>