Dear GMX users,<br>Hi<br><br>I&#39;m working on denaturation of proteins with MARTINI CGFF by Gromacs suit.<br>according to this paper (J. Chem. Theory and Comput. 2008, 4, 819–834) I undestand there is a limitation for modeling of folding and unfolding with MARITI CGFF for systems in which the folding and unfolding of secondary 


        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.1  (Linux)">
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        --></style>structures are playing a substantial
role are therefore not suitable for modeling with current CG
force field.<br>since I perform CGMD simulation on tertiary structure, is there this limitation on my system or no?<br>If your question is positive, Is there an improved version of MARTINI CGFF for doing it?<br>Can I use Gō model for resolve of this problem?<br>
What is your idea about this problem?<br><br>I&#39;m looking forward to hearing from you about this matter!<br><br>Beast Regards<br>Rasoul <br>