Dear Justin,<br>Thank you for your message.<br><br>I have found some experimental evidence to
suggest that the secondary structure information of protein how change
during the reaction of the unfolding. In the other hand, I have percentage of the
secondary structure information (%alpha-Helix, %beta-sheet and %Random coil) of the protein at different time of reaction.<br>Could I perform CGMD simulation with MArtini force field for finding the denaturation mechanism of the protein properly?<br>
<br>Best regards<br>Rasoul<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 18, 2009 at 10:04 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>







<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><br>
<br>
rasoul nasiri wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Cesar,<br>
Thank you for your reply,<br>
<br>
There are two different kind of water gro in this site (one of them is water.gro in :<br>
<a href="http://md.chem.rug.nl/%7Emarrink/MARTINI/Coordinates.html" target="_blank">http://md.chem.rug.nl/~marrink/MARTINI/Coordinates.html</a> and another is water-1bar-303k.gro in :<br>
 <a href="http://md.chem.rug.nl/%7Emarrink/MARTINI/Tutorial.html" target="_blank">http://md.chem.rug.nl/~marrink/MARTINI/Tutorial.html</a> . Is there difference between them?<br>
</blockquote>
<br></div>
Maybe, but if you do sufficient equilibration, it probably won&#39;t matter.<div><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Can I build water.gro with coarse graining beads (P4) from spc216.gro with using atom2cg.awk script?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
No.  This has been stated before - the awk script is explicitly for protein. And besides, each &quot;W&quot; CG particle corresponds to about four water molecules, so there is no trivial way to decide how to build the CG water system from spc216.gro.<div>








<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Another question; How can I change secondary structure information during CGMD simulation, If I want to perform CGMD simulation for finding of the folding/unfolding mechanism in proteins completely? Because Martini CGFF consider fix it.<br>









<br>
</blockquote>
<br></div>
You specify the secondary structure when building the initial topology.  As you&#39;ve been advised already, this &quot;fixed&quot; representation of secondary structure is going to be a major limitation of using the MARTINI force field for your simulations.  How do you know that whatever alternate secondary structure you&#39;ve applied is valid?  If you have some experimental evidence to suggest that certain peptide regions convert between one form and another, that&#39;s fine, but how do you know that the pathway taken is not an artifact of your choice to abruptly impose a change in the topology?<div>








<br>
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-Justin<br>
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-- <br>
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Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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