Hi,<br><br><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 11"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 11"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5Cinter%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

<p class="MsoNormal">I am working on the simulation of protein memberane. </p>

<p class="MsoNormal">How can I calculate MSD (mean squar displacement) of bond
lipid ( as those phosphate atomes are written 0.35 nm of protein)?</p>

<span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;;">I know that I must use g_msd for calculating, but I
need “index file” that is included phosphate atoms within 0.35 nm of
protein. how can I obtain this index file</span><br><br><br>thanks in advance,<br>Afsaneh Maleki<br><br>