Dear gromacs pros,<br><br>I need to calculate depth of DMPC bilayer penetration by my 14 aa long peptide. I&#39;m not sure how to do it, but I have tried g_dist program and calculated distance between DMPC and peptide groups for every frame of simulation. Is that correct way of doing it or maybe there is a better way?   I&#39;ve got xvg file. First column is time and second is distance in Amstrongs?<br>
<br>Thank you<br>